1. ชีวิตช่วงต้นและการศึกษา
ฟิลลิพ ฟรันทซ์ ฟ็อน ซีบ็อลท์ เกิดในครอบครัวแพทย์และศาสตราจารย์ทางการแพทย์ ณ เมืองเวือร์ซบวร์ค (ในขณะนั้นเป็นส่วนหนึ่งของอาณาจักรอธิการแห่งเวือร์ซบวร์ค ภายหลังเป็นส่วนหนึ่งของบาวาเรีย) ประเทศเยอรมนี ครอบครัวซีบ็อลท์เป็นตระกูลแพทย์ที่มีชื่อเสียง ซึ่งปู่และบิดาของเขาก็เป็นแพทย์ที่มหาวิทยาลัยเวือร์ซบวร์ค บิดาของเขาคือโยฮัน เกออร์ค คริสท็อฟ ฟ็อน ซีบ็อลท์ ศาสตราจารย์ด้านสูตินรีเวชวิทยาในมหาวิทยาลัยเดียวกัน บิดาของเขาเสียชีวิตเมื่อซีบ็อลท์อายุเพียง 1 ปี 1 เดือน หลังจากนั้นเขาได้รับการเลี้ยงดูโดยลุงซึ่งเป็นน้องชายของมารดาที่เมืองไฮดิงส์เฟ็ลท์

ซีบ็อลท์มีพี่ชายหนึ่งคนและพี่สาวหนึ่งคน แต่ทั้งคู่เสียชีวิตตั้งแต่ยังเด็ก เหลือเพียงฟิลลิพเท่านั้นที่เติบโตเป็นผู้ใหญ่ เมื่ออายุ 9 ขวบ มารดาของเขา มารีอา อะพอลโลเนีย โยเซฟา ได้ย้ายไปอยู่กับซีบ็อลท์ที่ไฮดิงส์เฟ็ลท์ และเขาได้รับการศึกษาจากลุงซึ่งเป็นนักบวชในท้องถิ่น รวมถึงเข้าเรียนในโรงเรียนสอนภาษาละตินของโบสถ์
ในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1815 ซีบ็อลท์ได้เข้าศึกษาด้านปรัชญาที่มหาวิทยาลัยเวือร์ซบวร์ค แต่ด้วยความคาดหวังของครอบครัวและญาติ เขาจึงหันมาศึกษาแพทยศาสตร์ตามธรรมเนียมของตระกูล
ในช่วงที่เป็นนักศึกษา อาจารย์ผู้มีอิทธิพลมากที่สุดต่อเขาคือ อิกนาทซ์ ดอลลิงเกอร์ (Ignaz Döllinger, ค.ศ. 1770-1841) ศาสตราจารย์ด้านกายวิภาคศาสตร์และสรีรวิทยา ซึ่งเป็นหนึ่งในศาสตราจารย์กลุ่มแรกๆ ที่มองการแพทย์ในฐานะวิทยาศาสตร์ธรรมชาติ ซีบ็อลท์อาศัยอยู่กับดอลลิงเกอร์ ทำให้เขามีโอกาสพบปะกับนักวิทยาศาสตร์ท่านอื่นๆ เป็นประจำ เขายังได้อ่านหนังสือของอเล็กซานเดอร์ ฟ็อน ฮุมบ็อลท์ นักธรรมชาติวิทยาและนักสำรวจชื่อดัง ซึ่งอาจเป็นแรงบันดาลใจให้เขาปรารถนาที่จะเดินทางไปยังดินแดนอันห่างไกล
ในด้านวิชาการ ซีบ็อลท์มีความภาคภูมิใจและเคารพตนเองในฐานะที่เป็นสมาชิกของตระกูลที่มีชื่อเสียง ซึ่งเป็นผู้นำในการเปลี่ยนแนวทางการแพทย์จากทฤษฎีมาสู่ประสบการณ์นิยม เน้นการสังเกต การบรรยาย และการเปรียบเทียบอย่างแม่นยำ ซึ่งตระกูลซีบ็อลท์ได้จัดตั้ง "สมาคมซีบ็อลท์" เพื่อส่งเสริมแนวคิดนี้ เขายังได้เรียนรู้จากศาสตราจารย์ฟรันทซ์ ซาเวอร์ เฮลเลอร์ (Franz Xaver Heller, ค.ศ. 1775-1840) ผู้เขียน Flora Wirceburgensisภาษาละติน ("พืชพรรณแห่งแกรนด์ดัชชีแห่งเวือร์ซบวร์ค")
ในปี ค.ศ. 1820 ซีบ็อลท์ได้รับปริญญาแพทยศาสตรบัณฑิต (M.D.) และเริ่มต้นการประกอบอาชีพแพทย์ในไฮดิงส์เฟ็ลท์ ซึ่งในขณะนั้นเป็นส่วนหนึ่งของราชอาณาจักรบาวาเรีย ปัจจุบันเป็นส่วนหนึ่งของเมืองเวือร์ซบวร์ค แต่ด้วยความทะเยอทะยาน เขาไม่ต้องการเป็นเพียงแพทย์ในเมืองเล็กๆ จึงได้หันมาสนใจการศึกษาโลกตะวันออก
2. การประจำการในเอเชียตะวันออกและการเยือนญี่ปุ่นครั้งแรก
ฟิลลิพ ฟรันทซ์ ฟ็อน ซีบ็อลท์ เริ่มต้นการผจญภัยในเอเชียตะวันออกโดยการเข้าร่วมกองทัพบกอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ ซึ่งนำพาเขาไปสู่บทบาทสำคัญในญี่ปุ่น
2.1. กิจกรรมในอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์
ในปี ค.ศ. 1822 ซีบ็อลท์เดินทางไปยังเฮก เนเธอร์แลนด์ ตามคำเชิญของคนรู้จักในครอบครัว และได้สมัครตำแหน่งแพทย์ทหาร ซึ่งจะช่วยให้เขามีโอกาสเดินทางไปยังอาณานิคมของเนเธอร์แลนด์ เขาเข้าประจำการในกองทัพเนเธอร์แลนด์เมื่อวันที่ 19 มิถุนายน ค.ศ. 1822 และได้รับการแต่งตั้งเป็นศัลยแพทย์ประจำเรือรบ อาเดรียนา ซึ่งแล่นจากรอตเตอร์ดัมไปยังบาตาเวีย (ปัจจุบันคือจาการ์ตา) ในหมู่เกาะอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ (ปัจจุบันคืออินโดนีเซีย)
ระหว่างการเดินทางที่ยาวนาน 5 เดือน โดยผ่านแหลมกู๊ดโฮป ซีบ็อลท์ได้ฝึกฝนภาษาดัตช์และเรียนรู้ภาษามาลายูอย่างรวดเร็ว เขายังได้เริ่มรวบรวมสัตว์ทะเลไปด้วย เรือมาถึงบาตาเวียในวันที่ 18 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1823 และซีบ็อลท์ได้รับตำแหน่งเจ้าหน้าที่แพทย์ในหน่วยปืนใหญ่แห่งเวลเตอเฟรเดน (ในกรุงจาการ์ตา)
ในบาตาเวีย เขาได้สร้างความสัมพันธ์กับโกเดิร์ต ฟัน เดอร์ คาเปลเลน ผู้ว่าการใหญ่แห่งหมู่เกาะอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ เมื่อล้มป่วย เขาได้รับการดูแลเป็นเวลาสามสัปดาห์ที่บ้านพักของผู้ว่าการใหญ่ ความรู้ความสามารถและความทะเยอทะยานของซีบ็อลท์ทำให้ผู้ว่าการใหญ่และคาสปาร์ เกออร์ค คาร์ล ไรน์วาร์ท ผู้อำนวยการสวนพฤกษศาสตร์โบกอร์ (ในเมืองโบกอร์) ประทับใจอย่างมาก ไม่นานนักสมาคมศิลปะและวิทยาศาสตร์บาตาเวียก็ได้เลือกซีบ็อลท์เป็นสมาชิก
2.2. การประจำการและบทบาทในเดจิมะ
ในเดือนเมษายน ค.ศ. 1823 ซีบ็อลท์ได้รับภารกิจใหม่ในฐานะแพทย์และนักวิทยาศาสตร์ประจำสถานีการค้าของเนเธอร์แลนด์ที่เดจิมะ นางาซากิ ประเทศญี่ปุ่น ซึ่งเป็นเกาะเทียมและสถานีการค้าขนาดเล็ก เรือของเขาออกเดินทางจากบาตาเวียเมื่อวันที่ 28 มิถุนายน ค.ศ. 1823 และมาถึงเดจิมะเมื่อวันที่ 11 สิงหาคม ค.ศ. 1823 ระหว่างการเดินทางอันยาวนานนั้น เรือของเขาเกือบจมลงเนื่องจากพายุไต้ฝุ่นในทะเลจีนตะวันออก

ในยุคนโยบายปิดประเทศ (ซาโกกุ) ของรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะ มีเพียงเจ้าหน้าที่ชาวดัตช์จำนวนน้อยเท่านั้นที่ได้รับอนุญาตให้อาศัยอยู่บนเกาะเดจิมะ ดังนั้น ซีบ็อลท์จึงต้องทำหน้าที่ควบคู่กันทั้งแพทย์และนักวิทยาศาสตร์ เกาะเดจิมะเคยเป็นของบริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ (VOC) มาตั้งแต่ศตวรรษที่ 17 แต่บริษัทล้มละลายในปี ค.ศ. 1798 หลังจากนั้นรัฐบาลดัตช์จึงเข้ามาดำเนินการสถานีการค้าแห่งนี้เพื่อเหตุผลทางการเมือง
ธรรมเนียมของชาวยุโรปในการส่งแพทย์ที่ได้รับการฝึกอบรมด้านพฤกษศาสตร์มายังญี่ปุ่นนั้นมีมานานแล้ว โดยเริ่มต้นจากเอ็งเงิลแบร์ท เค็มพ์เฟอร์ แพทย์และนักพฤกษศาสตร์ชาวเยอรมันที่พำนักในญี่ปุ่นตั้งแต่ปี ค.ศ. 1690 ถึง 1692 แม้ว่าคาร์ล เพเทอร์ ทุนแบร์ย นักพฤกษศาสตร์และแพทย์ชาวสวีเดนผู้เดินทางมาถึงญี่ปุ่นในปี ค.ศ. 1775 จะไม่ได้ถูกจ้างโดยบริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์โดยตรง แต่เขาก็เป็นผู้สืบทอดธรรมเนียมดังกล่าว ซีบ็อลท์ เค็มพ์เฟอร์ และ ทุนแบร์ย มักได้รับการเรียกว่า "นักวิชาการทั้งสามแห่งเดจิมะ" ซึ่งทั้งหมดไม่ใช่ชาวดัตช์
3. กิจกรรมหลักในญี่ปุ่น (การพำนักครั้งแรก)
ในช่วงที่พำนักอยู่ในญี่ปุ่น ฟิลลิพ ฟรันทซ์ ฟ็อน ซีบ็อลท์ ได้ดำเนินกิจกรรมทางการแพทย์และวิทยาศาสตร์ที่หลากหลาย ซึ่งส่งผลกระทบอย่างกว้างขวางต่อสังคมญี่ปุ่น
3.1. การนำเสนอและการศึกษาการแพทย์ตะวันตก
นักวิทยาศาสตร์ชาวญี่ปุ่นได้เชิญซีบ็อลท์มาแสดงความก้าวหน้าของวิทยาศาสตร์ตะวันตก และเขาก็เรียนรู้เกี่ยวกับชาวญี่ปุ่นและวัฒนธรรมของพวกเขาจากนักวิชาการเหล่านั้น หลังจากที่เขาสามารถรักษาอาการป่วยของข้าราชการท้องถิ่นผู้มีอิทธิพล ซีบ็อลท์ได้รับอนุญาตให้ออกจากสถานีการค้าเดจิมะ เขาใช้โอกาสนี้ในการรักษาผู้ป่วยชาวญี่ปุ่นในพื้นที่โดยรอบสถานีการค้า ซีบ็อลท์ได้รับการยกย่องว่าเป็นการแนะนำการฉีดวัคซีนและกายวิภาคศาสตร์ทางพยาธิวิทยาสู่ญี่ปุ่นเป็นครั้งแรก

ในปี ค.ศ. 1824 ซีบ็อลท์ได้ก่อตั้งโรงเรียนแพทย์ขึ้นในนางาซากิ ชื่อว่า นารูตากิจูกุ (鳴滝塾ภาษาญี่ปุ่น) ซึ่งกลายเป็นศูนย์รวมของนักเรียนประมาณ 50 คนจากทั่วญี่ปุ่นที่เดินทางมาเพื่อเรียนรู้รันงากุ (蘭学การศึกษาดัตช์/ตะวันตกภาษาญี่ปุ่น) นักเรียนเหล่านี้ได้ช่วยเหลือเขาในการศึกษาพฤกษศาสตร์และธรรมชาติวิทยา ภาษาดัตช์กลายเป็นภาษากลางสำหรับการติดต่อทางวิชาการและการศึกษาเป็นเวลาหนึ่งชั่วอายุคน จนกระทั่งการปฏิรูปเมจิ
ผู้ป่วยของซีบ็อลท์มักจะตอบแทนเขาด้วยวัตถุและสิ่งประดิษฐ์หลากหลายชนิด ซึ่งภายหลังมีคุณค่าทางประวัติศาสตร์ วัตถุในชีวิตประจำวันเหล่านี้กลายเป็นรากฐานของคอลเล็กชันชาติพันธุ์วรรณนาขนาดใหญ่ของเขา ซึ่งประกอบด้วยเครื่องใช้ในครัวเรือน งานแกะไม้ เครื่องมือ และวัตถุหัตถกรรมที่ชาวญี่ปุ่นใช้
3.2. การวิจัยพืชพรรณ สัตว์ และชาติพันธุ์วิทยาของญี่ปุ่น
ความสนใจหลักของซีบ็อลท์คือการศึกษาพืชพรรณและสัตว์ป่าของญี่ปุ่น เขาได้รวบรวมวัสดุต่างๆ ให้ได้มากที่สุดเท่าที่จะทำได้ เขาเริ่มต้นสวนพฤกษศาสตร์ขนาดเล็กหลังบ้านของเขา (มีพื้นที่จำกัดบนเกาะเล็กๆ) และรวบรวมพืชพื้นเมืองได้มากกว่า 1,000 ชนิด ในเรือนกระจกที่สร้างขึ้นเป็นพิเศษ เขาได้เพาะปลูกพืชญี่ปุ่นเพื่อให้ทนทานต่อสภาพอากาศของเนเธอร์แลนด์ ศิลปินชาวญี่ปุ่นในท้องถิ่น เช่น คาวาฮาระ เคย์งะ ได้วาดภาพพืชเหล่านี้ ซึ่งกลายเป็นภาพประกอบทางพฤกษศาสตร์ รวมถึงภาพชีวิตประจำวันในญี่ปุ่น ซึ่งเสริมคอลเล็กชันชาติพันธุ์วรรณนาของเขา นอกจากนี้ เขายังจ้างนักล่าชาวญี่ปุ่นเพื่อติดตามสัตว์หายากและรวบรวมตัวอย่างสัตว์ต่างๆ


ตัวอย่างจำนวนมากถูกรวบรวมโดยความช่วยเหลือของนักร่วมงานชาวญี่ปุ่นของเขา ได้แก่ อิโต เคย์ซูเกะ (ค.ศ. 1803-1901), มิซูตานิ ซูเกโรคุ (ค.ศ. 1779-1833), โอโคจิ ซงชิน (ค.ศ. 1796-1882) และคัตสึรางาวะ โฮเก็น (ค.ศ. 1797-1844) ซึ่งเป็นแพทย์ประจำโชกุน นอกจากนี้ ไฮน์ริช บัวร์เกอร์ (ค.ศ. 1806-1858) ผู้ช่วยและผู้สืบทอดตำแหน่งของซีบ็อลท์ ยังมีบทบาทสำคัญในการสานต่องานของซีบ็อลท์ในญี่ปุ่น
ซีบ็อลท์ได้แนะนำพืชสวนที่คุ้นเคยในยุโรปเป็นครั้งแรก เช่น โฮสตา และ Hydrangea otaksa (ชื่อที่เขาตั้งเพื่อเป็นเกียรติแก่คุซูโมโตะ ทากิ) โดยไม่ได้รับอนุญาตจากทางการญี่ปุ่น เขายังสามารถลักลอบนำเมล็ดต้นชา (Camellia sinensisภาษาละติน) ออกจากประเทศไปยังสวนพฤกษศาสตร์ Buitenzorgภาษาดัตช์ ในบาตาเวียได้สำเร็จ การกระทำครั้งเดียวนี้ได้ริเริ่มวัฒนธรรมการปลูกชาในเกาะชวา ซึ่งเป็นอาณานิคมของเนเธอร์แลนด์ในขณะนั้น จนถึงเวลานั้นญี่ปุ่นได้ควบคุมการค้าต้นชาอย่างเข้มงวด โดยในปี ค.ศ. 1833 เกาะชวาได้ปลูกต้นชาได้กว่า 500,000 ต้นแล้ว
เขายังได้นำผักกูดญี่ปุ่น (Reynoutria japonica, syn.ภาษาละติน Fallopia japonica) เข้าสู่ยุโรป ซึ่งกลายเป็นวัชพืชรุกรานอย่างรุนแรงในยุโรปและอเมริกาเหนือ พืชเหล่านี้ล้วนมาจากต้นแม่ต้นเดียวที่ซีบ็อลท์รวบรวมมา
ระหว่างที่พำนักอยู่ที่เดจิมะ ซีบ็อลท์ได้ส่งตัวอย่างพืชแห้งจำนวนมากไปยังไลเดิน เกนต์ บรัสเซลส์ และแอนต์เวิร์ป ซึ่งไม่ทราบจำนวนที่แน่ชัด การส่งไปยังไลเดินประกอบด้วยตัวอย่างแรกของซาลาแมนเดอร์ยักษ์ญี่ปุ่น (Andrias japonicus) ที่ถูกส่งไปยังยุโรป
ในปี ค.ศ. 1825 รัฐบาลอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ได้จัดหาผู้ช่วยสองคนให้แก่เขา ได้แก่ ไฮน์ริช บัวร์เกอร์ (ซึ่งภายหลังเป็นผู้สืบทอดตำแหน่งของเขา) เภสัชกรและนักแร่วิทยา และคาร์ล ฮูแบร์ท เดอ วิลล์เนิฟ จิตรกร ผู้ช่วยทั้งสองมีประโยชน์อย่างยิ่งต่องานของซีบ็อลท์ ตั้งแต่งานด้านชาติพันธุ์วรรณนา พฤกษศาสตร์ ไปจนถึงการจัดสวน เพื่อบันทึกประสบการณ์ในญี่ปุ่นตะวันออกที่แปลกใหม่ เดอ วิลล์เนิฟยังได้สอนเทคนิคการวาดภาพแบบตะวันตกให้แก่คาวาฮาระ เคย์งะ
รายงานระบุว่าซีบ็อลท์ไม่ใช่คนง่ายๆ ในการทำงานร่วมด้วย เขามีความขัดแย้งอย่างต่อเนื่องกับผู้บังคับบัญชาชาวดัตช์ซึ่งรู้สึกว่าเขาหยิ่งยโส ความขัดแย้งนี้ส่งผลให้เขาถูกเรียกตัวกลับบาตาเวียในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1827 แต่เรือ คอร์เนลิส เฮาต์มัน ที่ส่งมาเพื่อพาเขากลับบาตาเวีย ถูกพายุไต้ฝุ่นซัดขึ้นฝั่งที่อ่าวนางาซากิ พายุลูกเดียวกันนี้สร้างความเสียหายอย่างหนักแก่เดจิมะและทำลายสวนพฤกษศาสตร์ของซีบ็อลท์ หลังจากซ่อมแซม เรือ คอร์เนลิส เฮาต์มัน ก็ถูกลากกลับลงน้ำได้อีกครั้ง และออกเดินทางไปยังบาตาเวียพร้อมกับกล่องสะสมพฤกษศาสตร์ที่กอบกู้มาได้ 89 กล่อง แต่ซีบ็อลท์ยังคงอยู่ที่เดจิมะ
3.3. ครอบครัวชาวญี่ปุ่น
ระหว่างที่พำนักอยู่ในญี่ปุ่น ซีบ็อลท์ได้ "ใช้ชีวิตร่วมกัน" กับคุซูโมโตะ ทากิ (楠本滝ภาษาญี่ปุ่น) ซึ่งให้กำเนิดบุตรสาวของพวกเขาชื่อคุซูโมโตะ อิเนะ (楠本イネภาษาญี่ปุ่น) ในปี ค.ศ. 1827 ซีบ็อลท์มักจะเรียกภรรยาของเขาว่า "โอตาคุสะ" (น่าจะมาจาก "โอ-ทากิ-ซัง") และตั้งชื่อไฮเดรนเยียชนิดหนึ่งตามชื่อของเธอ อิเนะ คุซูโมโตะ กลายเป็นสตรีญี่ปุ่นคนแรกที่ได้รับการฝึกอบรมเป็นแพทย์ และกลายเป็นแพทย์ผู้ทรงเกียรติและแพทย์ประจำพระราชสำนักของจักรพรรดินีในปี ค.ศ. 1882 เธอเสียชีวิตในราชสำนักในปี ค.ศ. 1903


3.4. การเดินทางไปเอโดะและการรวบรวมข้อมูล
ในปี ค.ศ. 1826 ซีบ็อลท์ได้ร่วมคณะเดินทางไปเยือนเอโดะ (ปัจจุบันคือโตเกียว) กับหัวหน้าสถานีการค้าชาวดัตช์ การเดินทางครั้งนี้เป็นโอกาสให้เขาได้รวบรวมพืชและสัตว์จำนวนมาก รวมถึงการสำรวจภูมิศาสตร์ พืชพรรณ สภาพอากาศ และดาราศาสตร์ของญี่ปุ่น
ในเอโดะ เขามีโอกาสได้พบปะกับนักวิชาการชาวญี่ปุ่นหลายท่าน เช่น โมะงะมิ โทะกุไน นักสำรวจภูมิภาคทางเหนือของญี่ปุ่น (รวมถึงเอมิชิและซาฮาลิน) และทากาฮาชิ คาเงยาสุ นักดาราศาสตร์ประจำราชสำนัก โทกุไนได้มอบแผนที่แสดงภูมิภาคทางเหนือของญี่ปุ่นให้แก่ซีบ็อลท์ ในทางกลับกัน ซีบ็อลท์ได้มอบแผนที่โลกฉบับล่าสุดที่จัดทำโดยอาดัม โยฮัน ฟ็อน ครูเซนชแตร์น ให้แก่คาเงยาสุ ซึ่งเป็นข้อแลกเปลี่ยนที่นำไปสู่เหตุการณ์สำคัญในภายหลัง
3.5. เหตุการณ์ซีบ็อลท์และการถูกขับไล่
การแลกเปลี่ยนแผนที่กับทากาฮาชิ คาเงยาสุ ได้นำไปสู่เหตุการณ์ที่เรียกว่า "เหตุการณ์ซีบ็อลท์" ซึ่งเป็นจุดสิ้นสุดของการพำนักครั้งแรกของเขาในญี่ปุ่น
เมื่อรัฐบาลญี่ปุ่นค้นพบโดยบังเอิญว่าซีบ็อลท์ครอบครองแผนที่ส่วนเหนือของญี่ปุ่น ซึ่งเป็นสิ่งที่ถูกห้ามอย่างเข้มงวดโดยรัฐบาลโชกุนในยุคปิดประเทศ รัฐบาลญี่ปุ่นได้กล่าวหาเขาว่าทรยศชาติและเป็นสายลับให้แก่รัสเซีย ทากาฮาชิ คาเงยาสุ ซึ่งเป็นผู้มอบแผนที่อินะ ทาดาตากะให้แก่ซีบ็อลท์ ก็ถูกตัดสินว่ามีความผิดและเสียชีวิตในคุก
ซีบ็อลท์ถูกกักบริเวณในบ้าน และถูกขับไล่ออกจากญี่ปุ่นเมื่อวันที่ 22 ตุลาคม ค.ศ. 1829 แม้จะต้องจากไป แต่เขาก็พอใจที่ผู้ร่วมงานชาวญี่ปุ่นของเขาจะสานต่องานของเขาต่อไป เขาเดินทางกลับบาตาเวียด้วยเรือฟริเกต ชวา ซึ่งบรรทุกคอลเล็กชันขนาดมหึมาของสัตว์และพืชหลายพันชนิด รวมถึงหนังสือและแผนที่ต่างๆ ที่เขารวบรวมมา
เรือที่บรรทุกซีบ็อลท์มาถึงบาตาเวียเมื่อวันที่ 28 มกราคม ค.ศ. 1830 และคอลเล็กชันกว่า 2,000 ชนิดที่เขารวบรวมมาได้ถูกเก็บไว้ที่สวนพฤกษศาสตร์โบกอร์ในที่สุด ซีบ็อลท์ได้เดินทางกลับเนเธอร์แลนด์จากบาตาเวียเมื่อวันที่ 5 มีนาคม ค.ศ. 1830 และมาถึงเนเธอร์แลนด์เมื่อวันที่ 7 กรกฎาคม ค.ศ. 1830 การพำนักของเขาในญี่ปุ่นและบาตาเวียกินเวลาทั้งหมดแปดปี
4. การกลับสู่ยุโรปและการตีพิมพ์ผลงานสำคัญ
หลังจากถูกขับไล่ออกจากญี่ปุ่นและใช้ชีวิตในยุโรปเป็นเวลาหลายปี ฟิลลิพ ฟรันทซ์ ฟ็อน ซีบ็อลท์ ได้กลับมายังยุโรปและดำเนินกิจกรรมทางวิชาการอย่างต่อเนื่อง โดยเฉพาะอย่างยิ่งการตีพิมพ์ผลงานสำคัญที่เกิดจากการศึกษาของเขาในญี่ปุ่น
4.1. การตั้งถิ่นฐานในยุโรปและกิจกรรมทางวิชาการ
ฟิลลิพ ฟรันทซ์ ฟ็อน ซีบ็อลท์ เดินทางถึงเนเธอร์แลนด์ในปี ค.ศ. 1830 ซึ่งเป็นช่วงเวลาที่เกิดปัญหาทางการเมืองในบรัสเซลส์ นำไปสู่การปฏิวัติเบลเยียมในเวลาต่อมา เขารีบกู้คอลเล็กชันชาติพันธุ์วรรณนาในแอนต์เวิร์ป และตัวอย่างพืชแห้งในบรัสเซลส์ และนำพวกมันไปยังไลเดิน โดยได้รับความช่วยเหลือจากโยฮัน บัปติสต์ ฟิเชอร์ เขาทิ้งคอลเล็กชันพืชมีชีวิตที่ถูกส่งไปยังมหาวิทยาลัยเกนต์ การขยายตัวของคอลเล็กชันพืชหายากและพืชแปลกใหม่นี้ทำให้เกนต์มีชื่อเสียงด้านการจัดสวน ด้วยความขอบคุณ มหาวิทยาลัยเกนต์ได้มอบตัวอย่างพืชทุกชนิดจากคอลเล็กชันดั้งเดิมของเขาให้แก่เขาในปี ค.ศ. 1841

ซีบ็อลท์ตัดสินใจปักหลักที่ไลเดิน โดยนำคอลเล็กชันส่วนใหญ่ของเขามาด้วย "คอลเล็กชันฟิลลิพ ฟรันทซ์ ฟ็อน ซีบ็อลท์" ซึ่งประกอบด้วยตัวอย่างต้นแบบจำนวนมาก เป็นคอลเล็กชันพฤกษศาสตร์ชุดแรกจากญี่ปุ่น ซึ่งปัจจุบันก็ยังคงเป็นหัวข้อของการวิจัยอย่างต่อเนื่อง เป็นพยานถึงความลึกซึ้งของงานที่ซีบ็อลท์ได้ดำเนินการไป คอลเล็กชันนี้ประกอบด้วยตัวอย่างประมาณ 12,000 ชิ้น ซึ่งเขาสามารถบรรยายชนิดพืชได้ประมาณ 2,300 ชนิด คอลเล็กชันทั้งหมดถูกซื้อโดยรัฐบาลเนเธอร์แลนด์ในราคาที่น่าพอใจ ซีบ็อลท์ยังได้รับค่าตอบแทนรายปีจำนวนมากจากพระเจ้าวิลเลียมที่ 2 แห่งเนเธอร์แลนด์ และได้รับการแต่งตั้งเป็น "ที่ปรึกษาพระราชาด้านกิจการญี่ปุ่น" ในปี ค.ศ. 1842 พระราชาได้ยกฐานะซีบ็อลท์เป็นชนชั้นสูงในฐานะบุรุษ
"คอลเล็กชันซีบ็อลท์" เปิดให้สาธารณชนเข้าชมในปี ค.ศ. 1831 เขาได้ก่อตั้งพิพิธภัณฑ์ในบ้านของเขาในปี ค.ศ. 1837 พิพิธภัณฑ์ส่วนตัวขนาดเล็กแห่งนี้จะพัฒนาไปสู่พิพิธภัณฑ์ชาติพันธุ์วิทยาแห่งชาติ (เนเธอร์แลนด์)ในไลเดินในที่สุด ไฮน์ริช บัวร์เกอร์ ผู้สืบทอดตำแหน่งของซีบ็อลท์ในญี่ปุ่น ได้ส่งตัวอย่างพืชแห้งที่รวบรวมจากญี่ปุ่นอีกสามชุดให้แก่ซีบ็อลท์ คอลเล็กชันพืชพรรณนี้เป็นรากฐานของคอลเล็กชันญี่ปุ่นของหอพรรณพืชแห่งชาติเนเธอร์แลนด์ในไลเดิน ในขณะที่ตัวอย่างสัตววิทยาที่ซีบ็อลท์รวบรวมไว้ถูกเก็บรักษาโดยพิพิธภัณฑ์ประวัติศาสตร์ธรรมชาติแห่งชาติ (เนเธอร์แลนด์)ในไลเดิน ซึ่งต่อมากลายเป็นศูนย์ชีววิทยาความหลากหลายทางชีวภาพเนเชอราลิส (Naturalis Biodiversity Center) ในปี ค.ศ. 2010 ซึ่งปัจจุบันเป็นผู้ดูแลคอลเล็กชันประวัติศาสตร์ธรรมชาติทั้งหมดที่ซีบ็อลท์นำกลับมายังไลเดิน
ในปี ค.ศ. 1845 ซีบ็อลท์ได้แต่งงานกับเฮเลเนอ ฟ็อน กาแกร์น (Helene von Gagern, ค.ศ. 1820-1877) และมีบุตรชายสามคนและบุตรสาวสองคน
ซีบ็อลท์ได้พยายามใช้ประโยชน์จากความรู้เกี่ยวกับญี่ปุ่นของเขา ขณะที่อาศัยอยู่ในบอปปาร์ด ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1852 เขาได้ติดต่อกับนักการทูตรัสเซีย เช่น บารอน วอน บูดเบิร์ก-เบินนิงเฮาเซิน เอกอัครราชทูตรัสเซียประจำปรัสเซีย ซึ่งส่งผลให้เขาได้รับเชิญให้ไปที่เซนต์ปีเตอร์สเบิร์ก เพื่อให้คำแนะนำแก่รัฐบาลรัสเซียถึงวิธีเปิดความสัมพันธ์ทางการค้ากับญี่ปุ่น แม้จะยังคงได้รับการจ้างงานจากรัฐบาลดัตช์ แต่เขาก็ไม่ได้แจ้งการเดินทางครั้งนี้ให้รัฐบาลดัตช์ทราบจนกระทั่งเขากลับมา
พลเรือจัตวาชาวอเมริกัน แมทธิว ซี. เพอร์รี ได้ปรึกษาซีบ็อลท์ล่วงหน้าก่อนการเดินทางไปญี่ปุ่นในปี ค.ศ. 1854 เขายังได้แนะนำทาวน์เซนด์ แฮร์ริส เกี่ยวกับวิธีเผยแพร่ศาสนาคริสต์ไปยังญี่ปุ่น โดยอ้างอิงจากช่วงเวลาที่เขาอยู่ที่นั่นว่าชาวญี่ปุ่น "เกลียด" ศาสนาคริสต์
4.2. ผลงานสำคัญ
ระหว่างที่พำนักอยู่ในไลเดิน ซีบ็อลท์ได้เขียนหนังสือ Nippon (ค.ศ. 1832) ซึ่งเป็นส่วนแรกของผลงานด้านชาติพันธุ์วรรณนาและภูมิศาสตร์ที่อุดมไปด้วยภาพประกอบเกี่ยวกับญี่ปุ่น หนังสือ Archiv zur Beschreibung Nipponsภาษาเยอรมัน (จดหมายเหตุบรรยายญี่ปุ่น) ยังประกอบด้วยรายงานการเดินทางของเขาไปยังราชสำนักโชกุนที่เอโดะ เขาได้เขียนอีกหกส่วน โดยส่วนสุดท้ายตีพิมพ์ภายหลังการเสียชีวิตของเขาในปี ค.ศ. 1882 และบุตรชายของเขาได้ตีพิมพ์ฉบับปรับปรุงและลดราคาในปี ค.ศ. 1887


ผลงาน Bibliotheca Japonicaภาษาละติน (บรรณานุกรมญี่ปุ่น) ปรากฏขึ้นระหว่างปี ค.ศ. 1833 และ ค.ศ. 1841 ผลงานนี้เขียนร่วมกับโยเซฟ ฮอฟฟ์มันน์ และกัว เฉิงชาง (Kuo Cheng-Chang) ชาวชวาเชื้อสายจีนที่เดินทางร่วมกับซีบ็อลท์จากบาตาเวีย หนังสือเล่มนี้ประกอบด้วยการสำรวจวรรณกรรมญี่ปุ่น และพจนานุกรมภาษาจีน ญี่ปุ่น และเกาหลี งานเขียนของซีบ็อลท์เกี่ยวกับศาสนาและขนบธรรมเนียมญี่ปุ่นมีอิทธิพลอย่างมากต่อแนวคิดยุคใหม่ของยุโรปเกี่ยวกับศาสนาพุทธและศาสนาชินโต โดยเขาระบุว่าศาสนาพุทธในญี่ปุ่นเป็นรูปแบบหนึ่งของเอกเทวนิยม
นักสัตววิทยาได้แก่ ควนราด ยาคอบ เท็มมิงค์ (Coenraad Jacob Temminck, ค.ศ. 1777-1858), เฮอร์มันน์ ชเลเกล (Hermann Schlegel, ค.ศ. 1804-1884) และวิลเฮล์ม เดอ ฮาห์น (Wilhem de Haan, ค.ศ. 1801-1855) ได้บรรยายและบันทึกทางวิทยาศาสตร์เกี่ยวกับคอลเล็กชันสัตว์ญี่ปุ่นของซีบ็อลท์ ผลงาน Fauna Japonica (สัตว์ญี่ปุ่น) ซึ่งเป็นชุดเอกสารวิชาการที่ตีพิมพ์ระหว่างปี ค.ศ. 1833 และ ค.ศ. 1850 ส่วนใหญ่มาจากคอลเล็กชันของซีบ็อลท์ ทำให้สัตว์ป่าญี่ปุ่นเป็นสัตว์ป่าที่ไม่ใช่ยุโรปที่ได้รับการบรรยายได้ดีที่สุด ซึ่งเป็น "ความสำเร็จที่น่าทึ่ง" ส่วนสำคัญของ Fauna Japonica ยังมาจากคอลเล็กชันของไฮน์ริช บัวร์เกอร์ ผู้สืบทอดตำแหน่งของซีบ็อลท์ที่เดจิมะ
ซีบ็อลท์ได้เขียนผลงาน Flora Japonica (พืชพรรณญี่ปุ่น) โดยร่วมมือกับนักพฤกษศาสตร์ชาวเยอรมนี โยเซฟ เกอฮาร์ด ซุกการินี (Joseph Gerhard Zuccarini, ค.ศ. 1797-1848) ผลงานนี้ปรากฏครั้งแรกในปี ค.ศ. 1835 แต่ยังไม่สมบูรณ์จนกระทั่งเขาเสียชีวิต และได้เอฟ.เอ.ดับเบิลยู. มีคูเอล (F.A.W. Miquel, ค.ศ. 1811-1871) ผู้อำนวยการหอพรรณพืชในไลเดินเป็นผู้สำเร็จในปี ค.ศ. 1870 ผลงานนี้ได้ขยายชื่อเสียงทางวิทยาศาสตร์ของซีบ็อลท์จากญี่ปุ่นไปสู่ยุโรป
จากหอพฤกษศาสตร์ไลเดิน ซึ่งเป็นสวนพฤกษศาสตร์ของไลเดิน พืชหลายชนิดที่ซีบ็อลท์นำมาได้แพร่กระจายไปยังยุโรปและจากที่นั่นไปยังประเทศอื่นๆ ทั่วโลก เช่น โฮสตา และ Hortensia (ไฮเดรนเยีย) อะซาเลีย และปทัสสิเตส รวมถึงสนญี่ปุ่น ได้เริ่มเติบโตในสวนต่างๆ ทั่วโลก
5. การกลับมาเยือนญี่ปุ่นและช่วงบั้นปลายชีวิต
หลังจากถูกขับไล่ออกจากญี่ปุ่นและใช้ชีวิตในยุโรปเป็นเวลาหลายปี ฟิลลิพ ฟรันทซ์ ฟ็อน ซีบ็อลท์ ได้มีโอกาสกลับมาเยือนญี่ปุ่นอีกครั้งในช่วงที่ประเทศกำลังเปลี่ยนแปลงนโยบายปิดประเทศ
5.1. การกลับมาเยือนญี่ปุ่นและกิจกรรมการให้คำปรึกษา
ในปี ค.ศ. 1858 รัฐบาลญี่ปุ่นได้ยกเลิกคำสั่งห้ามซีบ็อลท์เข้าประเทศ เขากลับมายังญี่ปุ่นในปี ค.ศ. 1859 ในฐานะที่ปรึกษาของตัวแทนสมาคมการค้าเนเธอร์แลนด์ (Nederlandsche Handel-Maatschappij) ในนางาซากิ พร้อมกับบุตรชายคนโต อเล็กซานเดอร์ ซึ่งมีอายุ 12 ปี แต่หลังจากสองปี ความเชื่อมโยงกับสมาคมการค้าถูกตัดขาด เนื่องจากคำแนะนำของซีบ็อลท์ถูกพิจารณาว่าไม่มีคุณค่า
ในปี ค.ศ. 1861 ซีบ็อลท์ได้จัดเตรียมการแต่งตั้งให้ตนเองเป็นที่ปรึกษาของรัฐบาลญี่ปุ่น และเดินทางไปยังเอโดะในหน้าที่นั้น ที่นั่นเขาพยายามที่จะสร้างบทบาทระหว่างผู้แทนต่างชาติและรัฐบาลญี่ปุ่น อย่างไรก็ตาม ทางการดัตช์ได้เตือนเขาล่วงหน้าก่อนไปญี่ปุ่นว่าเขาจะต้องงดเว้นจากการแทรกแซงทางการเมืองทุกประการ เจ.เค. เดอ วิท กงสุลใหญ่เนเธอร์แลนด์ในญี่ปุ่น จึงได้รับคำสั่งให้ขอให้ซีบ็อลท์ออกจากตำแหน่ง
5.2. ช่วงกิจกรรมที่สองในญี่ปุ่นและการกลับสู่ยุโรป
ระหว่างการกลับมาเยือนญี่ปุ่นครั้งที่สอง ซีบ็อลท์ได้ดำเนินกิจกรรมการรวบรวมเพิ่มเติม โดยยังคงให้ความสำคัญกับการศึกษาธรรมชาติและวัฒนธรรมญี่ปุ่นอย่างต่อเนื่อง อย่างไรก็ตาม การพยายามเข้าไปมีบทบาททางการเมืองของเขา ซึ่งรวมถึงการให้ข้อมูลแก่ผู้แทนต่างชาติและราชสำนักดัตช์เกี่ยวกับสถานการณ์ในญี่ปุ่น ทำให้เกิดความขัดแย้งกับทางการเนเธอร์แลนด์ ซึ่งได้เตือนเขาถึงการแทรกแซงทางการเมือง
ในเดือนเมษายน ค.ศ. 1862 ซีบ็อลท์ได้รับคำสั่งให้กลับบาตาเวีย และจากนั้นเขาก็เดินทางกลับยุโรป พร้อมกับของสะสมจำนวนมาก เมื่อกลับถึงยุโรป เขาได้ขอให้รัฐบาลเนเธอร์แลนด์จ้างเขาในตำแหน่งกงสุลใหญ่ประจำญี่ปุ่น แต่รัฐบาลเนเธอร์แลนด์ได้ตัดความสัมพันธ์ทั้งหมดกับซีบ็อลท์ เนื่องจากเขามีหนี้สินจำนวนมากจากเงินกู้ที่ได้รับ ยกเว้นเพียงการจ่ายเงินบำนาญให้แก่เขา
5.3. ช่วงบั้นปลายชีวิตและการเสียชีวิต
ซีบ็อลท์ยังคงพยายามจัดเตรียมการเดินทางไปยังญี่ปุ่นอีกครั้ง หลังจากไม่ประสบความสำเร็จในการหางานกับรัฐบาลรัสเซีย เขาก็เดินทางไปปารีสในปี ค.ศ. 1865 เพื่อพยายามโน้มน้าวให้รัฐบาลฝรั่งเศสให้ทุนสนับสนุนการสำรวจญี่ปุ่นอีกครั้ง แต่ก็ล้มเหลว ในที่สุดเขาก็เสียชีวิตที่มิวนิก เมื่อวันที่ 18 ตุลาคม ค.ศ. 1866 ด้วยวัย 70 ปี โดยเกิดจากโรคหวัดที่กำเริบและมีอาการภาวะพิษเหตุติดเชื้อร่วมด้วย หลุมศพของเขามีลักษณะเป็นเจดีย์พุทธ และตั้งอยู่ในสุสานใต้เมืองมิวนิกเก่า (Alter Münchner Südfriedhof) นอกจากนี้ เขายังได้รับการรำลึกในชื่อถนนและสถานที่หลายแห่งในสวนพฤกษศาสตร์มิวนิก
6. มรดกและอิทธิพล
ฟิลลิพ ฟรันทซ์ ฟ็อน ซีบ็อลท์ ได้ทิ้งมรดกทางวิชาการและวัฒนธรรมอันล้ำค่าไว้ ซึ่งยังคงส่งอิทธิพลต่อคนรุ่นหลังอย่างต่อเนื่อง

6.1. มรดกทางวิชาการ
ซีบ็อลท์มีอิทธิพลอย่างมากในสาขาวิชาต่างๆ เช่น พฤกษศาสตร์ สัตววิทยา และญี่ปุ่นศึกษา การรวบรวมตัวอย่างทางชีววิทยาจำนวนมาก และการจัดทำผลงานทางวิชาการของเขาเป็นส่วนสำคัญในการวิจัยทางวิชาการในหลายสาขา เขามีส่วนช่วยในการสร้างพิพิธภัณฑ์ชาติพันธุ์วิทยาในมิวนิกและไลเดิน
6.2. ผลกระทบทางวัฒนธรรมและการประเมิน
ซีบ็อลท์มีส่วนสำคัญในการส่งเสริมการแลกเปลี่ยนทางวัฒนธรรมและความเข้าใจระหว่างญี่ปุ่นและตะวันตก รวมถึงการเผยแพร่การแพทย์ตะวันตกในญี่ปุ่น เขาเป็นที่รู้จักอย่างดีในญี่ปุ่น โดยมักถูกเรียกว่า "ซีบ็อลท์ซัง" (Shiboruto-san) และมีชื่อปรากฏในตำราเรียนของญี่ปุ่น แม้ว่าในประเทศอื่นๆ เขาจะไม่เป็นที่รู้จักมากนัก ยกเว้นในหมู่ผู้ที่ชื่นชอบการจัดสวนซึ่งนิยมพืชหลายชนิดที่ตั้งชื่อตามเขา

ในปี ค.ศ. 2005 ได้มีการเปิดซีบ็อลท์เฮาส์ในไลเดิน ซึ่งเป็นอดีตบ้านพักของซีบ็อลท์ที่ได้รับการปรับปรุงให้เป็นพิพิธภัณฑ์ที่จัดแสดงคอลเล็กชันของเขาและประวัติความสัมพันธ์ระหว่างญี่ปุ่นกับเนเธอร์แลนด์ นอกจากนี้ หอพฤกษศาสตร์ไลเดิน ยังได้จัดตั้ง "สวนอนุสรณ์ฟ็อน ซีบ็อลท์" ซึ่งเป็นสวนญี่ปุ่นที่มีพืชพรรณที่ซีบ็อลท์ส่งมาจากญี่ปุ่น สวนแห่งนี้ตั้งอยู่ใต้ต้นเซลโกวาเซอราตาอายุ 150 ปี ซึ่งมีมาตั้งแต่สมัยซีบ็อลท์ยังมีชีวิตอยู่ และมักมีนักท่องเที่ยวชาวญี่ปุ่นเดินทางมาเยี่ยมชมเพื่อแสดงความเคารพ
6.3. สิ่งอำนวยความสะดวกอนุสรณ์สถานและการเก็บรักษาของสะสม
เพื่อเป็นเกียรติแก่ความสำเร็จของซีบ็อลท์ มีสิ่งอำนวยความสะดวกหลักหลายแห่งที่จัดตั้งขึ้นเพื่อรำลึกถึงเขา:
- ซีบ็อลท์เฮาส์ ในไลเดิน เนเธอร์แลนด์ จัดแสดงจุดเด่นจากคอลเล็กชันซีบ็อลท์ในไลเดิน ณ อดีตบ้านพักหลังแรกของซีบ็อลท์ในไลเดิน
- ศูนย์ชีววิทยาความหลากหลายทางชีวภาพเนเชอราลิส พิพิธภัณฑ์ประวัติศาสตร์ธรรมชาติแห่งชาติในไลเดิน เนเธอร์แลนด์ เป็นที่เก็บรักษาตัวอย่างทางสัตววิทยาและพฤกษศาสตร์ที่ซีบ็อลท์รวบรวมได้ในระหว่างการพำนักครั้งแรกในญี่ปุ่น (ค.ศ. 1823-1829) ซึ่งรวมถึงสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม 200 ตัว, นก 900 ตัว, ปลา 750 ตัว, สัตว์เลื้อยคลาน 170 ตัว, สัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังมากกว่า 5,000 ตัว, พืช 2,000 ชนิด และตัวอย่างพืชแห้ง 12,000 ชิ้น
- พิพิธภัณฑ์ชาติพันธุ์วิทยาแห่งชาติ (เนเธอร์แลนด์) ในไลเดิน เนเธอร์แลนด์ เป็นที่เก็บรักษาคอลเล็กชันขนาดใหญ่ที่ซีบ็อลท์รวบรวมได้ในระหว่างการพำนักครั้งแรกในญี่ปุ่น (ค.ศ. 1823-1829)
- พิพิธภัณฑ์ชาติพันธุ์วิทยารัฐในมิวนิก เยอรมนี เป็นที่เก็บรักษาคอลเล็กชันของฟิลลิพ ฟรันทซ์ ฟ็อน ซีบ็อลท์ จากการเดินทางครั้งที่สองไปยังญี่ปุ่น (ค.ศ. 1859-1862) และจดหมายของซีบ็อลท์ถึงพระเจ้าลุดวิกที่ 1 แห่งบาวาเรีย ซึ่งเขากระตุ้นให้พระมหากษัตริย์ทรงก่อตั้งพิพิธภัณฑ์ชาติพันธุ์วิทยาในมิวนิก
- พิพิธภัณฑ์ซีบ็อลท์ (Siebold-Museum) ตั้งอยู่ในเวือร์ซบวร์ค เยอรมนี
- พิพิธภัณฑ์ซีบ็อลท์ (Siebold-Museum) บนปราสาทบรันเดินชไตน์ ชลือคแทร์น เยอรมนี
- นางาซากิ ญี่ปุ่น ได้ยกย่องซีบ็อลท์โดยการสร้างพิพิธภัณฑ์อนุสรณ์ซีบ็อลท์ (Siebold Memorial Museum) บนพื้นที่ติดกับบ้านพักเก่าของซีบ็อลท์ในย่านนารูตากิ ซึ่งเป็นพิพิธภัณฑ์แห่งแรกที่อุทิศให้กับบุคคลที่ไม่ใช่ชาวญี่ปุ่นในญี่ปุ่น

คอลเล็กชันของซีบ็อลท์ได้วางรากฐานสำหรับพิพิธภัณฑ์ชาติพันธุ์วิทยาในมิวนิกและไลเดิน อเล็กซานเดอร์ ฟ็อน ซีบ็อลท์ บุตรชายคนหนึ่งของเขาที่เกิดกับภรรยาชาวยุโรป ได้บริจาควัสดุจำนวนมากที่เหลือหลังจากการเสียชีวิตของซีบ็อลท์ในเวือร์ซบวร์คให้แก่พิพิธภัณฑ์บริติชในลอนดอน และราชบัณฑิตยสถานวิทยาศาสตร์แห่งเซนต์ปีเตอร์สเบิร์ก ได้ซื้อภาพสี 600 ภาพจาก Flora Japonica
บุตรชายอีกคนหนึ่งคือ ไฮน์ริช ฟ็อน ซีบ็อลท์ (Heinrich von Siebold, ค.ศ. 1852-1908) ได้สานต่องานวิจัยของบิดาบางส่วน เขาได้รับการยอมรับร่วมกับเอ็ดเวิร์ด เอส. มอร์ส ว่าเป็นหนึ่งในผู้ก่อตั้งความพยายามด้านโบราณคดีสมัยใหม่ในญี่ปุ่น
6.4. สายตระกูลและลูกหลาน
ฟิลลิพ ฟรันทซ์ ฟ็อน ซีบ็อลท์ มีบุตรสาวกับคุซูโมโตะ ทากิ ชื่อคุซูโมโตะ อิเนะ (ค.ศ. 1827-1903) ซึ่งเป็นแพทย์หญิงคนแรกของญี่ปุ่นที่ได้รับการศึกษาทางการแพทย์แบบตะวันตก และบุตรสาวของอิเนะคือคุซูโมโตะ ทากาโกะ (ค.ศ. 1852-1938) ซึ่งเป็นแพทย์เช่นกันและได้เขียนบันทึกส่วนตัวเปิดเผย


ซีบ็อลท์ยังมีบุตรอีก 5 คนกับเฮเลเนอ ฟ็อน กาแกร์น ภรรยาชาวยุโรป:
- อเล็กซานเดอร์ ฟ็อน ซีบ็อลท์ (Alexander von Siebold, ค.ศ. 1846-1911) บุตรชายคนโต เขาเดินทางร่วมกับบิดาในการกลับมาเยือนญี่ปุ่นครั้งที่สองในปี ค.ศ. 1859 เขาทำงานเป็นล่ามประจำสถานทูตบริติช และต่อมาเป็นที่ปรึกษาพิเศษของรัฐมนตรีต่างประเทศเมจิ เช่น อินูเอะ คาโอรุ เขายังได้ร่วมเดินทางไปฝรั่งเศสกับโทกูงาวะ อากิตาเกะ เพื่อเข้าร่วมงานมหกรรมโลกปี ค.ศ. 1867 ที่ปารีส เขามีส่วนช่วยรัฐบาลเมจิในการป้องกันธนบัตรปลอมด้วยการสั่งพิมพ์ "ตราประทับขนาดเล็ก"
- เฮเลเนอ (Helene, ค.ศ. 1848-1927) ซึ่งต่อมาเป็นบารอนเนสส์มักซิมิเลียน ฟ็อน อุลม์ ซู แอร์บัค
- มาทิลเดอ (Mathilde, ค.ศ. 1850-1906) ซึ่งต่อมาเป็นภรรยาของกุสตาฟ ฟ็อน บรันเดินชไตน์ บุตรชายของเธอ อเล็กซานเดอร์ ได้แต่งงานกับเฮเลเนอ บุตรสาวคนเดียวของเคานต์แซ็พเพอลีน ผู้มีชื่อเสียงด้านเรือเหาะ และทายาทของพวกเขายังคงใช้ชื่อตระกูล "ฟ็อน บรันเดินชไตน์-แซ็พเพอลีน"
- ไฮน์ริช ฟ็อน ซีบ็อลท์ (Heinrich von Siebold, ค.ศ. 1852-1908) หรือที่รู้จักในชื่อ "ซีบ็อลท์น้อย" เขาเป็นล่ามและนักการทูตประจำสถานทูตออสเตรีย-ฮังการี และได้ดำเนินการวิจัยทางโบราณคดีในญี่ปุ่นร่วมกับเอ็ดเวิร์ด เอส. มอร์ส และได้รับการยกย่องว่าเป็นหนึ่งในผู้ก่อตั้งโบราณคดีสมัยใหม่ในญี่ปุ่น เขายังได้เขียนหนังสือ Kōkogaku Setsuryaku (อภิปรายโบราณคดี) ซึ่งใช้คำว่า "โบราณคดี" เป็นครั้งแรกในญี่ปุ่น
- มักซิมิเลียน ฟ็อน ซีบ็อลท์ (Maximilian von Siebold, ค.ศ. 1854-1887) ซึ่งเป็นนายทหารชั้นสัญญาบัตรประจำอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์
ปัจจุบัน ทายาทสายตรงและสายรองของซีบ็อลท์ยังคงสืบทอดมรดกของเขามาจนถึงปัจจุบัน ซึ่งรวมถึงทายาทของคุซูโมโตะ อิเนะ (ตระกูลคุซูโมโตะและโฮริอุจิ) และทายาทของไฮน์ริช (ตระกูลเซกิคุจิ) รวมถึงทายาทของมาทิลเดอ (ตระกูลบรันเดินชไตน์-แซ็พเพอลีนในเยอรมนี) และยังมีสมาคมซีบ็อลท์แห่งประเทศเยอรมนีและสมาคมซีบ็อลท์แห่งญี่ปุ่นที่จัดตั้งขึ้นเพื่อส่งเสริมการศึกษาและรำลึกถึงผลงานของเขา
7. ซีบ็อลท์ในวัฒนธรรมสมัยนิยม
ฟิลลิพ ฟรันทซ์ ฟ็อน ซีบ็อลท์ ได้รับการพรรณนาและกล่าวถึงในผลงานวัฒนธรรมสมัยนิยมต่างๆ ทั้งนวนิยาย การ์ตูน และละครโทรทัศน์ แสดงให้เห็นถึงอิทธิพลและความน่าสนใจในประวัติศาสตร์ของเขา
- นวนิยายเรื่อง Musume no Fhon Shihoruto (บุตรสาวของฟ็อน ซีบ็อลท์) โดยโยชิมูระ อากิระ ซึ่งผสมผสานระหว่างเรื่องจริงและเรื่องแต่ง
- นวนิยายเรื่อง Chōei Tōbō (การหลบหนีของโชเออิ) โดยโยชิมูระ อากิระ
- การ์ตูนเรื่อง Fūunjitachi โดยมินาโมโตะ ทาโร
- การ์ตูนเรื่อง Super Doctor K โดยมาฟูเนะ คาซูโอะ
- การ์ตูนเรื่อง Masuda Kōsuke Gekijō Gyagu Manga Biyori เล่ม 11 ตอนที่ 197 โดยมาซูดะ โคสุเกะ
- การ์ตูนเรื่อง Kagerou Inazuma Mizu no Tsuki โดยอาเมะ อะระเระ
- ละครโทรทัศน์ Katsura Chizuru Shinsatsu Niroku (บันทึกการตรวจรักษาของคัตสึระ ชิซูรุ) โดยเอ็นเอชเค (NHK) ปี ค.ศ. 2010 ซึ่งมีนักแสดงเอริค บอสิค รับบทเป็นซีบ็อลท์
- ละครเวทีเรื่อง "Siebold Oyako-den: Aoi Me no Samurai" (ตำนานพ่อลูกซีบ็อลท์: ซามูไรตาฟ้า) ซึ่งจัดแสดงในปี ค.ศ. 2020, 2021, 2022 ที่วัดสึกิจิ ฮอนกันจิ
8. ชื่อที่ระลึกถึงเขา
เพื่อเป็นเกียรติแก่ฟิลลิพ ฟรันทซ์ ฟ็อน ซีบ็อลท์ ชื่อของเขาได้ถูกนำไปตั้งเป็นชื่อของชนิดพืชและสัตว์ สถานที่ สถาบัน และรางวัลต่างๆ มากมาย


- พืช
- Acer sieboldianum (ซีบ็อลท์เมเปิล): เมเปิลชนิดหนึ่งที่พบในญี่ปุ่น
- Calanthe sieboldii (คอลันธีซีบ็อลท์): กล้วยไม้ดินชนิดหนึ่งที่พบในญี่ปุ่น, หมู่เกาะรีวกีว และไต้หวัน
- Clematis florida var. sieboldiana (syn: C. florida 'Sieboldii' & C. florida 'Bicolor'): เคลมาทิสที่หายากและเป็นที่ต้องการ
- ツノハシバミภาษาญี่ปุ่น (Corylus sieboldiana): เฮเซลชนิดหนึ่งที่พบในเอเชียตะวันออกเฉียงเหนือและญี่ปุ่น
- Dryopteris sieboldii: เฟิร์นที่มีใบเหนียวคล้ายหนัง
- Hosta sieboldii: โฮสตา ที่มีพันธุ์ปลูกหลากหลาย
- Magnolia sieboldii: แมกโนเลียพันธุ์เล็ก "โอยามะ"
- Malus sieboldii (Toringo Crab-Apple): แอปเปิลประดับที่มีกลิ่นหอม ดอกตูมสีชมพูจะเปลี่ยนเป็นสีขาว (เดิมชื่อ Sorbus toringo)
- Primula sieboldii (Sakurasou, 櫻草): พริมูลาป่าญี่ปุ่น
- Prunus sieboldii: เชอร์รีมีดอก
- Sedum sieboldii: ไม้อวบน้ำที่มีใบเรียงเป็นวงคล้ายดอกกุหลาบ
- Tsuga sieboldii: สนฉัตรญี่ปุ่น
- Viburnum sieboldii: พุ่มไม้ผลัดใบขนาดใหญ่ มีดอกสีขาวครีมในฤดูใบไม้ผลิ และผลเบอร์รีสีแดงที่สุกเป็นสีดำในฤดูใบไม้ร่วง
- Hylotelephium sieboldii (มิเซบายะ)
- Berberis sieboldii (เฮบินะโบราซุ)
- Cirsium sieboldii (คิเซรุอะซะมิ)
- Asiasarum sieboldii (อุสุบะไซชิน)
- Castanopsis sieboldii (สุดะจิอิ)
- Stachys sieboldii (โชโรกิ)
- Populus tremula var. sieboldii (ยามานะราซุ)
- สัตว์
- Enhydris sieboldii (งูน้ำเรียบของซีบ็อลท์): งูชนิดหนึ่ง
- Nordotis gigantea (หอยเป๋าฮื้อซีบ็อลท์): หอยเป๋าฮื้อชนิดหนึ่ง ที่มีคุณค่าสูงสำหรับซูชิ
- Sieboldius: สกุลของแมลงปอเข็มขนาดใหญ่
- Conus sieboldii (อะโกเมะไก): หอยกรวยชนิดหนึ่ง
- Pharaonella sieboldii (เบนิไก): หอยสองฝาที่เกี่ยวข้องกับหอยซากุระ
- Pheretima sieboldi (ซีบ็อลท์มิมิซุ): ไส้เดือนดินขนาดใหญ่
- Anotogaster sieboldii (โอนิยันมะ): แมลงปอที่ใหญ่ที่สุดในญี่ปุ่น
- Nipponocypris sieboldii (นุมะมุทสึ): ปลาคาร์ปน้ำจืด
- Pristipomoides sieboldii (ฮิเมะได): ปลาเรดสนัปเปอร์น้ำเค็ม
- Treron sieboldii (อาโอบาโตะ): นกพิราบป่าชนิดหนึ่ง
- Zacco sieboldii (ปลา)
- Treron sieboldii (นก)
- สถานที่, สถาบัน, รถไฟ และรางวัล
- มหาวิทยาลัยซีบ็อลท์แห่งนางาซากิ (Siebold University of Nagasaki)
- รถไฟด่วนพิเศษ "ซีบ็อลท์" (Siebold) ของการรถไฟคิวชู (JR Kyushu) ซึ่งเคยวิ่งระหว่างสถานีซาเซโบะและสถานีนางาซากิ
- ถนนซีบ็อลท์ (Siebold-dōri): ชื่อถนนในนางาซากิ ที่เชื่อมจากบ้านพักเก่าของซีบ็อลท์ไปยังย่านชินไดกุมาจิ
- ซีบ็อลท์โนะยุ (Siebold-no-yu): โรงอาบน้ำสาธารณะในเมืองอุเระชิโนะ จังหวัดซางะ
- ซีบ็อลท์เฮาส์ (SieboldHuis)
- พิพิธภัณฑ์อนุสรณ์ซีบ็อลท์ (Siebold Memorial Museum)
- พายุไต้ฝุ่นซีบ็อลท์ (Siebold Typhoon)
- ธนาคารจูฮาจิ สาขาซีบ็อลท์: สาขาธนาคารเสมือนที่ใช้สำหรับบริการตรวจสอบการฝากเงิน ซึ่งไม่มีหน้าร้านจริง
- รางวัลฟิลลิพ ฟรันทซ์ ฟ็อน ซีบ็อลท์ (Philipp Franz von Siebold Prize)
ถนนซีบ็อลท์ในนางาซากิ