1. ชีวิตช่วงต้นและภูมิหลัง
สมเด็จพระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 9 มีพระนามเดิมว่า เทโอฟิแลคทัส (Theophylactus) ประสูติที่กรุงโรมราวปี ค.ศ. 1012 พระองค์เป็นโอรสของเคานต์อัลเบอริกที่ 3 แห่งทัสคูลัม (Alberic III of Tusculum) ซึ่งเป็นสมาชิกของตระกูลทัสคูลัมผู้ทรงอิทธิพลอย่างมากในการเมืองของกรุงโรมในยุคนั้น
1.1. ความสัมพันธ์ทางครอบครัวและการเลือกตั้งพระสันตะปาปา
พระองค์มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับสมเด็จพระสันตะปาปาหลายพระองค์ โดยเป็นพระภาคิไนยของสมเด็จพระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 8 และสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์นที่ 19 เป็นพระราชปนัดดาของสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์นที่ 12 และเป็นพระราชปฏินัดดาของสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์นที่ 11 นอกจากนี้ยังเป็นพระญาติชั้นที่สองที่ห่างกันสองขั้นของสมเด็จพระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 7 และอาจเป็นญาติห่างๆ ของสมเด็จพระสันตะปาปาเซอร์จิอุสที่ 3 อีกด้วย
บิดาของพระองค์คือ อัลเบอริกที่ 3 ได้ใช้อิทธิพลและสินบนเพื่อสนับสนุนการเลือกตั้งพระองค์ให้เป็นสมเด็จพระสันตะปาปาในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1032 ขณะที่พระองค์มีพระชนมายุราว 20 พรรษา ทำให้พระองค์กลายเป็นสมเด็จพระสันตะปาปาที่อายุน้อยที่สุดในประวัติศาสตร์ อย่างไรก็ตาม บางแหล่งข้อมูลกล่าวว่าพระองค์อาจมีพระชนมายุเพียง 11 หรือ 12 พรรษาเมื่อเข้ารับตำแหน่ง ซึ่งหมายความว่าพระองค์เป็นฆราวาสที่ผ่านการดำรงตำแหน่งทางศาสนาทุกระดับในวันเดียว
2. การดำรงตำแหน่งครั้งแรก (ค.ศ. 1032-1044)
การดำรงตำแหน่งพระสันตะปาปาครั้งแรกของสมเด็จพระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 9 เริ่มขึ้นในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1032 และสิ้นสุดในเดือนกันยายน ค.ศ. 1044 ตลอดรัชสมัยของพระองค์เต็มไปด้วยเรื่องอื้อฉาวและความขัดแย้งระหว่างกลุ่มต่างๆ รวมถึงข้อกล่าวหาเรื่องการเล่นพรรคเล่นพวก การฉ้อโกง และการดำเนินชีวิตที่ผิดศีลธรรม นักประวัติศาสตร์หลายคนกล่าวว่าการปกครองของพระองค์เป็นเรื่องอื้อฉาวและเป็น "ความอัปยศต่อบัลลังก์ของนักบุญเปโตร"
พระองค์ถูกบังคับให้ออกจากกรุงโรมชั่วคราวในปี ค.ศ. 1036 แต่กลับมาได้ด้วยความช่วยเหลือจากจักรพรรดิคอนราดที่ 2 ในปี ค.ศ. 1044 ฝ่ายค้านซึ่งไม่พอใจวิถีชีวิตที่เสื่อมทรามของพระองค์ได้บังคับให้พระองค์ต้องออกจากกรุงโรมอีกครั้ง และเลือกตั้งสมเด็จพระสันตะปาปาซิลเวสเตอร์ที่ 3 ขึ้นมาแทนที่ในเดือนกันยายนปีเดียวกันนั้น
3. การดำรงตำแหน่งครั้งที่สอง (ค.ศ. 1045) และการขายตำแหน่งพระสันตะปาปา
กองกำลังของสมเด็จพระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 9 ได้กลับมาในเดือนเมษายน ค.ศ. 1045 และขับไล่คู่แข่งของพระองค์ ทำให้เบเนดิกต์สามารถกลับมาดำรงตำแหน่งพระสันตะปาปาได้อีกครั้ง การดำรงตำแหน่งครั้งที่สองนี้สั้นมาก กินเวลาเพียงเดือนเมษายนถึงพฤษภาคม ค.ศ. 1045 เท่านั้น
เนื่องจากทรงสงสัยในความสามารถของพระองค์เองที่จะรักษาสถานะไว้ได้ และทรงประสงค์ที่จะอภิเษกสมรสกับญาติของพระองค์เอง เบเนดิกต์ที่ 9 จึงตัดสินใจสละตำแหน่งในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1045 พระองค์ได้ปรึกษาพ่อทูนหัวของพระองค์คือ นักบวชผู้เคร่งครัด จอห์น กราเทียน (John Gratian) เกี่ยวกับความเป็นไปได้ในการสละตำแหน่ง พระองค์เสนอที่จะสละตำแหน่งพระสันตะปาปาให้พ่อทูนหัว โดยมีเงื่อนไขว่าพ่อทูนหัวจะต้องชดใช้ค่าใช้จ่ายในการเลือกตั้งของพระองค์ จอห์น กราเทียนได้จ่ายเงินให้พระองค์ไปเป็นจำนวนมาก ซึ่งเทียบเท่ากับทองคำกว่า 650 kg (บางแหล่งระบุว่า 1,500 ปาวทอง) และได้รับการยอมรับให้เป็นพระสันตะปาปาแทนที่ในชื่อสมเด็จพระสันตะปาปาเกรกอรีที่ 6 การกระทำนี้ถูกมองว่าเป็นการซื้อขายตำแหน่งทางศาสนา (simony) ซึ่งเป็นหนึ่งในเหตุการณ์ที่น่าอับอายที่สุดในประวัติศาสตร์คริสตจักร
4. การดำรงตำแหน่งครั้งที่สาม (ค.ศ. 1047-1048) และการปลดจากตำแหน่งครั้งสุดท้าย
สมเด็จพระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 9 ทรงเสียพระทัยกับการสละตำแหน่งอย่างรวดเร็ว และได้เสด็จกลับมายังกรุงโรม ทรงเข้ายึดพระราชวังลาเตรันในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1047 และกลับมาดำรงตำแหน่งพระสันตะปาปาอีกครั้ง แม้ว่าในขณะนั้นสมเด็จพระสันตะปาปาเกรกอรีที่ 6 จะยังคงได้รับการยอมรับว่าเป็นพระสันตะปาปาที่แท้จริงก็ตาม และสมเด็จพระสันตะปาปาซิลเวสเตอร์ที่ 3 ก็ได้อ้างสิทธิ์ในตำแหน่งของพระองค์อีกครั้งด้วย
สถานการณ์ที่ซับซ้อนนี้ ทำให้บรรดานักบวชและฆราวาสผู้ทรงอิทธิพลหลายคนต้องร้องขอให้จักรพรรดิไฮน์ริชที่ 3 แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ เข้ามาแทรกแซงและฟื้นฟูความสงบเรียบร้อย จักรพรรดิไฮน์ริชที่ 3 ได้เสด็จข้ามเบรนเนอร์พาสเข้าสู่อิตาลี และเรียกประชุมสังคายนาแห่งสุตรีในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1046 เพื่อตัดสินปัญหาข้อพิพาทนี้

ในการประชุมสังคายนาแห่งสุตรี สมเด็จพระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 9 และสมเด็จพระสันตะปาปาซิลเวสเตอร์ที่ 3 ถูกประกาศให้พ้นจากตำแหน่ง ขณะที่สมเด็จพระสันตะปาปาเกรกอรีที่ 6 ถูกกระตุ้นให้สละตำแหน่ง เนื่องจากข้อตกลงในการเข้ารับตำแหน่งของพระองค์กับเบเนดิกต์ถูกมองว่าเป็นการซื้อขายตำแหน่งทางศาสนา หลังจากนั้นจักรพรรดิไฮน์ริชที่ 3 ได้ให้เลือกตั้งสมเด็จพระสันตะปาปาเคลเมนต์ที่ 2 ขึ้นมาดำรงตำแหน่งในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1046
สมเด็จพระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 9 ไม่ได้เข้าร่วมการประชุมสังคายนาแห่งสุตรี และไม่ยอมรับการปลดจากตำแหน่งของพระองค์ เมื่อสมเด็จพระสันตะปาปาเคลเมนต์ที่ 2 เสด็จสวรรคตในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1047 เบเนดิกต์ได้เข้ายึดพระราชวังลาเตรันอีกครั้งในเดือนพฤศจิกายน และกลับมาเป็นพระสันตะปาปา แต่ถูกขับไล่โดยกองทัพเยอรมันในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1048 เพื่อเติมเต็มสุญญากาศทางอำนาจ ดามาซุสที่ 2 ชาวเยอรมันได้รับการเลือกตั้งเป็นพระสันตะปาปาและได้รับการยอมรับอย่างกว้างขวาง พระองค์ปฏิเสธที่จะมาปรากฏตัวต่อข้อกล่าวหาเรื่องการซื้อขายตำแหน่งทางศาสนาในปี ค.ศ. 1049 และถูกตัดขาดจากศาสนาในที่สุด
5. คำวิพากษ์วิจารณ์และข้อถกเถียง
การดำรงตำแหน่งของสมเด็จพระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 9 ได้รับการวิพากษ์วิจารณ์และข้อถกเถียงอย่างรุนแรง ทั้งจากบุคคลร่วมสมัยและนักประวัติศาสตร์ในภายหลัง
เฟอร์ดินันด์ เกรโกโรวิอุส (Ferdinand Gregorovius) นักประวัติศาสตร์ต่อต้านพระสันตะปาปา กล่าวว่า "ดูราวกับว่าปีศาจจากนรกในคราบของนักบวช ได้เข้ายึดบัลลังก์ของนักบุญเปโตรและดูหมิ่นความศักดิ์สิทธิ์ของศาสนาด้วยพฤติกรรมอุกอาจของมัน" ฮอเรซ เค. แมนน์ (Horace K. Mann) เรียกพระองค์ว่า "ความอัปยศต่อบัลลังก์ของนักบุญเปโตร"
สมเด็จพระสันตะปาปาวิกเตอร์ที่ 3 ในหนังสือ ไดอะล็อกส์ (Dialogues) เล่มที่สามของพระองค์ ได้กล่าวถึง "การข่มขืน การฆาตกรรม และการกระทำรุนแรงและการร่วมเพศทางทวารหนักอันน่าสะพรึงกลัวอื่นๆ ของพระองค์ ชีวิตของพระองค์ในฐานะพระสันตะปาปานั้นเลวทราม สกปรก และน่ารังเกียจจนข้าพเจ้าขนลุกเมื่อคิดถึงมัน"
นักบุญปีเตอร์ ดาเมียน ในผลงานของท่าน ลิเบอร์โกมอร์เรียนุส (Liber Gomorrhianus) กล่าวหาพระองค์ว่ามีส่วนเกี่ยวข้องกับการร่วมเพศทางทวารหนัก การร่วมเพศกับสัตว์ และการเป็นผู้สนับสนุนการจัดงานปาร์ตี้ที่มั่วสุม ซึ่งเป็นเหตุให้ปีเตอร์ ดาเมียนเขียนบทความยาวเพื่อต่อต้านการมีเพศสัมพันธ์โดยทั่วไปและการรักร่วมเพศโดยเฉพาะ นอกจากนี้ บิชอปเบนโนแห่งปีอาเชนซา (Bishop Benno of Piacenza) ก็กล่าวหาพระองค์ว่า "มีการคบชู้และฆาตกรรมอันเลวทรามมากมาย"
อย่างไรก็ตาม เรจินัลด์ เลน พูล (Reginald Lane Poole) นักประวัติศาสตร์ ได้ชี้ให้เห็นว่าในยุคที่มีความเป็นปรปักษ์ทางการเมืองอย่างรุนแรงนั้น ข้อกล่าวหาต่างๆ มักถูกสร้างขึ้นและเชื่อถือได้ง่ายกว่าปกติ แม้ว่าในยามสงบจะไม่มีใครกล้าเสนอข้อกล่าวหาเช่นนี้ พูลยังเสนอว่าความน่าเชื่อถือของข้อกล่าวหาดังกล่าวขึ้นอยู่กับความน่าจะเป็นมากกว่าหลักฐาน และเป็นการตอบโต้ต่ออิทธิพลของตระกูลทัสคูลัม พูลมองว่าเบเนดิกต์เป็น "พระสันตะปาปาที่ละเลยหน้าที่ และน่าจะเป็นคนมักมากในกาม" แต่ก็ตั้งข้อสังเกตว่าภาพลักษณ์ของเบเนดิกต์ถูกวาดขึ้นในช่วงเวลาที่ฝ่ายตรงข้ามของพระองค์มีอำนาจ และพระองค์ไม่มีทั้งเพื่อนและผู้สนับสนุน
6. ช่วงบั้นปลายชีวิตและการสิ้นพระชนม์
ชะตากรรมสุดท้ายของสมเด็จพระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 9 นั้นไม่ชัดเจนนัก แต่ดูเหมือนว่าพระองค์ได้ละทิ้งการอ้างสิทธิ์ในบัลลังก์พระสันตะปาปาในที่สุด มีรายงานว่าสมเด็จพระสันตะปาปาเลโอที่ 9 ได้ยกเลิกการตัดขาดจากศาสนาที่เกิดขึ้นกับพระองค์

แหล่งข้อมูลบางส่วนระบุว่าพระองค์ทรงสำนึกผิดและใช้ชีวิตในฐานะนักบวชภายหลังการถูกปลดจากตำแหน่ง โดยอาจใช้ชีวิตอยู่ในอาราม นักบุญบาร์โธโลมิวแห่งกรอตตาแฟร์ราตา (Saint Bartholomew of Grottaferrata) เจ้าอาวาสแห่งอารามกรอตตาแฟร์ราตา (Abbey of Grottaferrata) กล่าวว่าพระองค์ทรงกลับใจและหันหลังให้กับบาปที่ทรงกระทำในฐานะพระสันตะปาปา
สมเด็จพระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 9 เสด็จสวรรคตราวปี ค.ศ. 1055-1056 (บางแหล่งระบุว่าอาจเป็นปี ค.ศ. 1065 หรือ 1085) และได้รับการฝังพระศพที่อารามกรอตตาแฟร์ราตา
7. การประเมินทางประวัติศาสตร์และมรดก
สมเด็จพระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 9 มักถูกจัดว่าเป็นหนึ่งในสมเด็จพระสันตะปาปาที่เลวร้ายที่สุดในประวัติศาสตร์คริสตจักรคาทอลิก นักประวัติศาสตร์หลายคน เช่น นักบุญปีเตอร์ ดาเมียน ได้ประณามวิถีชีวิตและพฤติกรรมของพระองค์อย่างรุนแรง
อย่างไรก็ตาม บางคนก็โต้แย้งว่าสถานการณ์ทางการเมืองที่ซับซ้อนในยุคสมัยของพระองค์มีส่วนทำให้พระองค์ตกต่ำ เรื่องราวของเบเนดิกต์ที่ 9 จึงเป็นเครื่องเตือนใจถึงอันตรายของการเมืองที่เข้าแทรกแซงกิจการของคริสตจักร และเน้นย้ำถึงความสำคัญของการสำนึกผิดและความถ่อมตนในการเผชิญหน้ากับความผิดพลาดในประวัติศาสตร์ของคริสตจักร
บทบาทของพระองค์ยังคงเป็นประเด็นที่ถูกกล่าวถึงอย่างกว้างขวางในการศึกษาประวัติศาสตร์ของสถาบันพระสันตะปาปา โดยเฉพาะในแง่ของความวุ่นวายทางศีลธรรมและอำนาจทางการเมืองในคริสต์ศตวรรษที่ 11 ซึ่งนำไปสู่การปฏิรูปที่สำคัญในเวลาต่อมา