1. พระชนม์ชีพช่วงต้นและปัญหาการสืบราชสันตติวงศ์
สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงมีพระชนม์ชีพช่วงต้นที่เต็มไปด้วยความไม่แน่นอนในความชอบธรรมในการประสูติและปัญหาการสืบราชสันตติวงศ์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะอย่างยิ่งหลังการสิ้นพระชนม์ของพระบิดาและพระปิตุลา ซึ่งนำไปสู่การถูกรอนสิทธิ์จากราชบัลลังก์ฝรั่งเศส แม้จะมีความท้าทายเหล่านี้ พระองค์ก็ทรงอภิเษกสมรสกับฟิลิเปที่ 3 แห่งเอเวรอ และทรงดำเนินชีวิตช่วงต้นในฝรั่งเศสก่อนจะทรงได้รับการยอมรับในฐานะสมเด็จพระราชินีนาถแห่งนาวาร์
1.1. การประสูติและความไม่แน่ชัดในความชอบธรรม
สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงประสูติเมื่อวันที่ 28 มกราคม ค.ศ. 1312 เป็นพระธิดาของพระเจ้าหลุยส์ที่ 10 แห่งฝรั่งเศส (หรือพระเจ้าหลุยส์ที่ 1 แห่งนาวาร์) และมาร์เกอริตแห่งบูร์กอญ พระมเหสีพระองค์แรกของพระเจ้าหลุยส์ที่ 10 ซึ่งทรงเป็นพระโอรสองค์โตและรัชทายาทของพระเจ้าฟีลิปที่ 4 แห่งฝรั่งเศสและสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 1 แห่งนาวาร์ พระอัยกาและพระอัยกีของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2
ในปี ค.ศ. 1314 มาร์เกอริต พระมารดาของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 รวมถึงพระสัสสุและพระขนิษฐภรรยาของพระนาง คือฌานและบล็องช์ ต่างทรงถูกจับกุมในเหตุสัมพันธ์ชู้สาวตูร์เดอเนส์ล พระนางมาร์เกอริตและบล็องช์ทรงถูกกล่าวหาว่าคบชู้กับอัศวินสองพี่น้อง นามว่าฟิลิปและวอลเตอร์แห่งโอเนย์ หลังจากถูกทรมาน หนึ่งในพี่น้องได้สารภาพว่าพวกตนเป็นคนรักของมาร์เกอริตและบล็องช์มาเป็นเวลาสามปี อัศวินสองพี่น้องโอเนย์ถูกประหารชีวิตในเวลาต่อมา ส่วนมาร์เกอริตและบล็องช์ทรงถูกจำคุก หลังจากเรื่องอื้อฉาวนี้ ความชอบธรรมในการประสูติของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ก็เป็นที่กังขา เนื่องจากพระมารดาของพระองค์ถูกกล่าวหาว่าทรงมีชู้ในช่วงปีที่พระองค์ประสูติ


พระเจ้าฟีลิปที่ 4 พระอัยกาของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 เสด็จสวรรคตเมื่อวันที่ 26 พฤศจิกายน ค.ศ. 1314 ทำให้พระบิดาของพระองค์ทรงขึ้นครองราชบัลลังก์ฝรั่งเศสในพระนามพระเจ้าหลุยส์ที่ 10 แห่งฝรั่งเศส มาร์เกอริตจึงทรงเป็นพระราชินีแห่งฝรั่งเศสในทางเทคนิค แต่ก็มิได้ทรงได้รับการปล่อยตัวและเสด็จสวรรคตในคุกที่ปราสาทกายาร์ ก่อนเสด็จสวรรคตในวันที่ 5 มิถุนายน ค.ศ. 1316 พระเจ้าหลุยส์ที่ 10 ทรงประกาศบนแท่นบรรทมว่าสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงเป็นพระธิดาที่ชอบด้วยกฎหมายของพระองค์ แม้จะมีการประกาศเช่นนั้น แต่เรื่องอื้อฉาวเกี่ยวกับการประสูติของพระองค์ก็ยังคงเป็นมลทินติดตัวพระองค์ไปตลอดพระชนม์ชีพ
1.2. วิกฤตการสืบราชบัลลังก์ฝรั่งเศสและการถูกรอนสิทธิ์
หลังจากพระเจ้าหลุยส์ที่ 10 เสด็จสวรรคต พระมเหสีพระองค์ที่สองของพระองค์คือเคลม็องส์แห่งฮังการี ทรงกำลังตั้งครรภ์ ตามข้อตกลงของบรรดาขุนนางฝรั่งเศสผู้ทรงอำนาจที่สุด ซึ่งแล้วเสร็จเมื่อวันที่ 16 กรกฎาคม ค.ศ. 1316 หากเคลม็องส์ทรงให้กำเนิดพระโอรส พระโอรสจะทรงได้รับการสวมมงกุฎเป็นกษัตริย์แห่งฝรั่งเศส แต่หากทรงให้กำเนิดพระธิดา พระธิดาพระองค์นั้นและสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 จะทรงมีสิทธิ์สืบทอดได้เพียงราชอาณาจักรนาวาร์และแคว้นช็องปาญและบรีเท่านั้น (สามอาณาจักรที่พระเจ้าหลุยส์ที่ 10 ทรงได้รับสืบทอดมาจากพระมารดาของพระองค์คือสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 1 แห่งนาวาร์) นอกจากนี้ยังมีการตกลงกันว่าสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 จะทรงถูกส่งไปอยู่กับพระญาติฝ่ายพระมารดาในบูร์กอญ แต่การอภิเษกสมรสของพระองค์จะทรงไม่สามารถตัดสินใจได้หากไม่ได้รับความยินยอมจากสมาชิกพระราชวงศ์ฝรั่งเศส

เคลม็องส์ทรงให้กำเนิดพระโอรสคือฌ็องผู้ประสูติหลังพระบิดาสิ้นพระชนม์ เมื่อวันที่ 13 พฤศจิกายน ค.ศ. 1316 แต่พระโอรสก็เสด็จสวรรคตในอีกห้าวันต่อมา การสิ้นพระชนม์ของพระโอรสทำให้ฟิลิปผู้สูงศักดิ์ พระปิตุลาของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงสืบทอดราชบัลลังก์ฝรั่งเศสในฐานะพระเจ้าฟิลิปที่ 5 แห่งฝรั่งเศส แทนที่จะเป็นสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 แม้พระองค์จะทรงเป็นทายาทสายตรงและอาวุโสที่สุดตามหลักลำดับการประสูติ สภาฐานันดรแห่งฝรั่งเศสในปี ค.ศ. 1317 ได้ประกาศอย่างเป็นทางการว่าสตรีไม่สามารถสืบทอดราชบัลลังก์ฝรั่งเศสได้ ซึ่งเป็นการนำกฎซาลิกมาใช้ในการสืบราชบัลลังก์ฝรั่งเศสอย่างชัดเจน นับเป็นการปฏิเสธสิทธิ์อันชอบธรรมของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 โดยตรงในราชบัลลังก์ฝรั่งเศส นอกจากนี้ ขุนนางชาวนาวาร์ส่วนใหญ่ยังได้ถวายความภักดีต่อพระเจ้าฟิลิปที่ 5 ด้วยเช่นกัน
อาแญ็สแห่งฝรั่งเศส พระอัยกีฝ่ายพระมารดาของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 และอูเดส์ที่ 4 พระมาตุลา ทรงพยายามที่จะค้ำจุนสิทธิ์ของพระองค์ในแคว้นช็องปาญและบรี ซึ่งเป็นมรดกของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 1 แห่งนาวาร์ พระอัยกีฝ่ายพระบิดาของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทว่ากองทัพหลวงฝรั่งเศสได้เข้าปราบปรามกลุ่มผู้สนับสนุนสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 จนพ่ายแพ้ ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1318 พระเจ้าฟิลิปที่ 5 ทรงอภิเษกสมรสพระธิดาของพระองค์กับอูเดส์ และทรงประทานสองแคว้นให้เป็นสินสอด ทำให้อูเดส์ต้องทรงสละสิทธิ์ในการเรียกร้องของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ในช็องปาญและบรี เพื่อแลกกับค่าชดเชยที่ได้รับ
1.3. การอภิเษกสมรสกับฟิลิเปที่ 3 และชีวิตช่วงต้นในฝรั่งเศส
ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1318 พระเจ้าฟิลิปที่ 5 แห่งฝรั่งเศส และอูเดส์ที่ 4 ดยุคแห่งบูร์กอญ ได้ทรงลงนามในข้อตกลงสำคัญซึ่งรวมถึงการจัดการอภิเษกสมรสของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 กับฟิลิเปแห่งเอเวรอ ซึ่งทรงเป็นลูกพี่ลูกน้องของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 และเป็นพระนัดดาของพระเจ้าฟิลิปที่ 3 แห่งฝรั่งเศส โดยทรงเป็นบุตรชายของหลุยส์แห่งเอเวรอ พระอนุชาต่างมารดาของพระเจ้าฟีลิปที่ 4 แห่งฝรั่งเศส

การอภิเษกสมรสของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 และฟิลิเปทรงจัดขึ้นเมื่อวันที่ 18 มิถุนายน ค.ศ. 1318 หลังจากนั้นสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงประทับอยู่กับมารีแห่งบราบ็อง พระอัยกีของพระสวามี แม้จะทรงประทับอยู่ใกล้กัน แต่ฟิลิเปและสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ก็มิได้ทรงเจริญพระชันษามาด้วยกันอันเนื่องมาจากความแตกต่างทางพระชนมายุ (พระองค์ทรงมีพระชนมายุ 6 พรรษา และฟิลิเปทรงมีพระชนมายุ 12 พรรษา) การอภิเษกสมรสของทั้งสองพระองค์เพิ่งสำเร็จสมบูรณ์ในปี ค.ศ. 1324 ทั้งสองพระองค์ทรงมีดินแดนอันกว้างใหญ่ในทางตอนเหนือของฝรั่งเศส รวมถึงแคว้นนอร์ม็องดีและช็องปาญ ซึ่งจะทรงมีบทบาทสำคัญในอนาคตของการปกครองของทั้งสองพระองค์
2. การสืบราชบัลลังก์นาวาร์
ภายหลังการสิ้นพระชนม์ของพระปิตุลาของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ซึ่งเป็นจุดสิ้นสุดของสายตรงของราชวงศ์กาเปต์ในฝรั่งเศส ได้นำไปสู่การแยกตัวของนาวาร์ออกจากฝรั่งเศสและทำให้สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงมีโอกาสในการสืบราชบัลลังก์นาวาร์ พระองค์ทรงผ่านกระบวนการเจรจาทางการเมืองที่ซับซ้อนกับสภาแห่งนาวาร์ ซึ่งในที่สุดก็ทรงได้รับการยอมรับในฐานะผู้ปกครองร่วมกับพระสวามี และทรงเข้าพิธีราชาภิเษกที่ปัมโปลนา
2.1. การสิ้นสุดของสหภาพส่วนบุคคลกับฝรั่งเศส
ในต้นปี ค.ศ. 1322 พระเจ้าฟิลิปที่ 5 เสด็จสวรรคตโดยมิได้ทรงมีพระโอรสธิดาที่ยังมีพระชนม์อยู่ ทำให้พระเจ้าชาร์ล พระอนุชาของพระองค์และพระโอรสพระองค์สุดท้ายที่ยังมีพระชนม์ของพระเจ้าฟิลิปที่ 4 ทรงสืบทอดราชบัลลังก์ทั้งในฝรั่งเศสและนาวาร์ แต่ขุนนางชาวนาวาร์ส่วนใหญ่ปฏิเสธที่จะถวายความเคารพต่อพระเจ้าชาร์ล และพระองค์ก็มิได้ทรงยืนยันสิทธิ์หรือเสรีภาพของนาวาร์
พระเจ้าชาร์ลเสด็จสวรรคตเมื่อวันที่ 1 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1328 อันนำไปสู่วิกฤตการสืบราชสันตติวงศ์อีกครั้ง เนื่องจากพระมเหสีม่ายของพระองค์ทรงกำลังตั้งครรภ์ บรรดาขุนนางฝรั่งเศสและขุนนางผู้ทรงอิทธิพลอื่น ๆ จึงทรงมารวมตัวกันที่ปารีสเพื่อเลือกผู้สำเร็จราชการแผ่นดิน ขุนนางฝรั่งเศสส่วนใหญ่สรุปว่าฟิลิปแห่งวาลัว ทรงมีสิทธิ์ในตำแหน่งสูงสุด เนื่องจากพระองค์ทรงเป็นพระญาติสายตรงจากฝ่ายพระบิดาที่ใกล้ชิดที่สุดของอดีตกษัตริย์ ในขณะเดียวกัน ผู้แทนของสภาฐานันดรแห่งนาวาร์ ซึ่งมารวมตัวกันที่ปูเอนเต ลา เรย์นา เมื่อวันที่ 13 มีนาคม ได้ทรงปลดผู้ว่าราชการฝรั่งเศสและแต่งตั้งขุนนางท้องถิ่นสองพระองค์ขึ้นมาแทน
บล็องช์ พระธิดาของพระมเหสีม่ายของพระเจ้าชาร์ลทรงประสูติเมื่อวันที่ 1 เมษายน การประสูติของพระนางบล็องช์ทำให้เห็นได้ชัดว่าสายตรงจากฝ่ายพระบิดาของราชวงศ์กาเปต์แห่งฝรั่งเศสได้สิ้นสุดลงด้วยการสิ้นพระชนม์ของพระเจ้าชาร์ลผู้ทรงพระสิริโฉม สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 และพระสวามีทรงสามารถอ้างสิทธิ์ในราชบัลลังก์ฝรั่งเศสได้ เนื่องจากทั้งสองพระองค์ทรงสืบเชื้อสายมาจากกษัตริย์ฝรั่งเศส อย่างไรก็ตาม มีผู้กล่าวอ้างคนอื่นอีกอย่างน้อยห้าพระองค์ รวมถึงฟิลิปแห่งวาลัวด้วย
ฟิลิปแห่งวาลัว ทรงได้รับการสวมมงกุฎเป็นกษัตริย์แห่งฝรั่งเศสที่แร็งส์ เมื่อวันที่ 29 พฤษภาคม พระองค์มิได้ทรงมีสิทธิ์ในการเรียกร้องต่อนาวาร์ ช็องปาญ และบรี เนื่องจากพระองค์มิได้ทรงสืบเชื้อสายมาจากสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 1 แห่งนาวาร์ เพื่อเสริมสร้างตำแหน่งของพระองค์ในฝรั่งเศส ในเดือนกรกฎาคม ฟิลิปทรงยอมรับสิทธิ์ของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 และพระสวามีในการปกครองนาวาร์ นอกจากนี้ พระองค์ยังทรงเกลี้ยกล่อมให้ทั้งสองพระองค์ทรงสละสิทธิ์ในช็องปาญและบรี เพื่อแลกกับแคว้นลงเกอวีล, มอร์แต็ง และอองกูแลม เนื่องจากพระองค์ทรงต้องการรักษาแคว้นช็องปาญและบรี ซึ่งมีความสำคัญทางยุทธศาสตร์ไว้สำหรับราชบัลลังก์ฝรั่งเศส
2.2. การเจรจาสืบราชสมบัติและพิธีราชาภิเษก
หลังจากมติของสมัชชาแห่งนาวาร์ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1328 สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงได้รับการยอมรับว่าเป็นผู้ปกครองโดยชอบด้วยกฎหมายแห่งนาวาร์ การตัดสินใจครั้งนี้เป็นการยุติสหภาพส่วนบุคคลระหว่างนาวาร์กับฝรั่งเศส ซึ่งเคยเกิดขึ้นผ่านการอภิเษกสมรสของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 1 แห่งนาวาร์และพระเจ้าฟีลิปที่ 4 แห่งฝรั่งเศส
ในช่วงหลายเดือนต่อมา สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 และพระสวามีของพระองค์ได้ทรงดำเนินการเจรจาอย่างยาวนานกับสภาฐานันดรแห่งนาวาร์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งเกี่ยวกับบทบาทของฟิลิเปแห่งเอเวรอในการบริหารราชอาณาจักร แม้ชาวนาวาร์จะทรงยอมรับเพียงสิทธิ์ในการปกครองโดยสายโลหิตของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 แต่พระสวามีของพระองค์ก็ทรงอ้างอำนาจด้วยเช่นกัน ในระหว่างที่ทั้งสองพระองค์ทรงไม่อยู่ ได้เกิดเหตุการณ์จลาจลต่อต้านชาวยิวขึ้นในเมืองต่าง ๆ ของนาวาร์
สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 และฟิลิเปแห่งเอเวรอ ทรงส่งขุนนางฝรั่งเศสสองพระองค์คืออ็องรีที่ 4 เดอ ซูยี และฟิลิป เดอ เมอเลิง ไปยังนาวาร์เพื่อเป็นผู้แทนของพระองค์ในการเจรจาในขั้นต้น ชาวนาวาร์ยังคงลังเลที่จะยืนยันสิทธิ์ของฟิลิปในการแบ่งปันการปกครองกับสมเด็จพระราชินีนาถ ในการประชุมที่รอนเซสบาเยสในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1328 ผู้แทนของสมัชชาสามัญได้ประกาศเป็นครั้งแรกว่าฟิลิปจะได้รับอนุญาตให้เข้าร่วมในการบริหารนาวาร์ อย่างไรก็ตาม พวกเขายังระบุด้วยว่าองค์ประกอบดั้งเดิมทั้งหมดของพิธีราชาภิเษก (รวมถึงการยกกษัตริย์พระองค์ใหม่ขึ้นบนโล่และการโยนเหรียญให้ผู้ชม) จะดำเนินการเฉพาะในส่วนที่เกี่ยวข้องกับสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 เท่านั้น เพื่อเน้นย้ำถึงการเรียกร้องของฟิลิปในการปกครองในราชอาณาจักรของพระมเหสี อ็องรี เดอ ซูยี อ้างถึงเปาโลอัครทูตผู้ซึ่งได้กล่าวไว้ในจดหมายฉบับแรกถึงชาวโครินธ์ว่า "หัวหน้าของสตรีคือบุรุษ" ซูยียังเน้นย้ำด้วยว่าสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงเห็นชอบและยินยอมที่จะเสริมสร้างตำแหน่งของพระสวามี
สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 และฟิลิเป เสด็จถึงนาวาร์ในต้นปี ค.ศ. 1329 ทั้งสองพระองค์ทรงได้รับการสวมมงกุฎที่อาสนวิหารปัมโปลนาเมื่อวันที่ 5 มีนาคม ในพิธี ทั้งสองพระองค์ทรงได้รับการยกขึ้นบนโล่และทรงโยนเหรียญระหว่างพิธีด้วย ทั้งสองพระองค์ทรงลงพระนามในสัตย์ปฏิญาณในการราชาภิเษก ซึ่งกำหนดพระราชอำนาจของพระองค์ กฎบัตรเน้นย้ำว่าสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงเป็น "ทายาทที่แท้จริงและโดยสายโลหิต" ของนาวาร์ แต่ยังประกาศด้วยว่า "ทั่วทั้งราชอาณาจักรนาวาร์จะเชื่อฟังพระสวามีของพระองค์" อย่างไรก็ตาม ชาวนาวาร์ยังระบุด้วยว่าทั้งสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 และฟิลิป จะต้องทรงสละราชบัลลังก์ทันทีที่รัชทายาทของพระองค์ทรงมีพระชนมายุครบ 21 พรรษา มิฉะนั้นจะต้องทรงชำระค่าปรับ 100.00 K FRF สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ยังทรงชดเชยค่าใช้จ่ายที่เกี่ยวข้องกับการได้มาซึ่งนาวาร์ให้กับพระสวามีของพระองค์ด้วย

3. การปกครองในฐานะสมเด็จพระราชินีนาถแห่งนาวาร์
สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงปกครองนาวาร์อย่างแข็งขัน ทั้งในช่วงที่ทรงร่วมปกครองกับพระสวามีและในช่วงที่ทรงปกครองเพียงลำพัง พระองค์ทรงดำเนินนโยบายที่สำคัญในการฟื้นฟูความยุติธรรมและพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานของราชอาณาจักร ทรงบริหารราชการแผ่นดินอย่างรอบคอบ และทรงรักษาสัมพันธ์ทางการทูตกับรัฐเพื่อนบ้าน แม้จะทรงต้องเสด็จออกนอกนาวาร์บ่อยครั้งเพื่อดูแลดินแดนอื่น ๆ ของพระองค์ แต่การบริหารท้องถิ่นก็ยังคงดำเนินไปได้อย่างมีประสิทธิภาพ
3.1. การปกครองร่วมกับฟิลิเปที่ 3
สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 และพระเจ้าฟิลิเปที่ 3 แห่งนาวาร์ ทรงร่วมมือกันอย่างใกล้ชิดตลอดรัชสมัยของพระองค์ จากพระราชกฤษฎีกา 85 ฉบับที่ยังคงเหลืออยู่จากช่วงเวลาที่ทั้งสองพระองค์ทรงร่วมปกครอง มีเอกสาร 41 ฉบับที่ออกในพระนามของทั้งสองพระองค์ อย่างไรก็ตาม ข้อมูลระบุว่าฟิลิปทรงมีบทบาทมากกว่าในหลายด้านของการปกครอง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านนิติบัญญัติ พระองค์ทรงลงพระนามในพระราชกฤษฎีกา 38 ฉบับเพียงลำพัง โดยมิได้อ้างถึงพระมเหสีของพระองค์ ในขณะที่มีเอกสารเพียงหกฉบับเท่านั้นที่ออกในพระนามของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 แต่เพียงผู้เดียว
หลังพิธีราชาภิเษก ทั้งสองพระองค์ทรงมีพระราชบัญชาให้ลงโทษผู้ก่อเหตุจลาจลต่อต้านชาวยิวและจ่ายค่าชดเชยแก่เหยื่อ นับเป็นการแสดงออกถึงความมุ่งมั่นในการรักษาความยุติธรรมและระเบียบสังคม ราชอาณาจักรยังได้มีการซ่อมแซมป้อมปราการหลวง และสร้างปราสาทใหม่ที่กัสเตลเรอโนในรัชสมัยของพระองค์ นอกจากนี้ ระบบชลประทานในพื้นที่แห้งแล้งรอบๆ เมืองตูเดลาในนาวาร์ก็ได้รับการก่อสร้างขึ้นด้วยการสนับสนุนทางการเงินจากทั้งสองพระองค์ ซึ่งแสดงให้เห็นถึงความใส่ใจในการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคม

ทั้งสองพระองค์ยังทรงมุ่งมั่นที่จะรักษาสันติภาพกับรัฐเพื่อนบ้านด้วย พระองค์ทรงเปิดการเจรจาเกี่ยวกับการหมั้นหมายของพระธิดาองค์โตของพระองค์คือฌาน กับเปโดร รัชทายาทแห่งอารากอน ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1329 และได้มีการลงนามในสนธิสัญญาสันติภาพกับกัสติยาที่ซาลามังกาเมื่อวันที่ 15 มีนาคม ค.ศ. 1330
3.2. การบริหารราชการแผ่นดิน
ในด้านการบริหารราชการแผ่นดิน สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงจัดการงานประจำวันของราชอาณาจักรอย่างต่อเนื่อง โดยเฉพาะอย่างยิ่งการปฏิรูปกระบวนการยุติธรรม ซึ่งเป็นสิ่งจำเป็นเพื่อฟื้นฟูความสงบเรียบร้อยหลังจากช่วงเวลาที่มีความขัดแย้ง นอกจากโครงการชลประทานที่ตูเดลาและปราสาทที่กัสเตลเรอโนแล้ว การซ่อมแซมและบำรุงรักษาป้อมปราการหลวงทั่วนาวาร์ก็เป็นส่วนหนึ่งของโครงการพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานที่สำคัญของพระองค์ สิ่งเหล่านี้สะท้อนให้เห็นถึงความรับผิดชอบของพระองค์ต่อการปกป้องและยกระดับคุณภาพชีวิตของประชากรในราชอาณาจักร
ความสัมพันธ์ทางการทูตกับประเทศเพื่อนบ้านยังคงเป็นสิ่งสำคัญในรัชสมัยของพระองค์ นอกจากการหมั้นหมายของพระธิดาและสนธิสัญญาสันติภาพกับกัสติยาแล้ว ยังมีข้อพิพาทเรื่องพรมแดนเกี่ยวกับกรรมสิทธิ์ของอารามฟิเตโร ซึ่งได้บานปลายกลายเป็นสงครามกับกัสติยาในปี ค.ศ. 1335 อย่างไรก็ตาม พระเจ้าเปโดรที่ 4 แห่งอารากอน ทรงสนับสนุนชาวนาวาร์ ทำให้มีการลงนามในสนธิสัญญาสันติภาพใหม่กับกัสติยาเมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1336 การดำเนินงานเหล่านี้แสดงให้เห็นถึงความมุ่งมั่นของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ในการรักษาความมั่นคงและผลประโยชน์ของนาวาร์ในเวทีระหว่างประเทศ
3.3. การไม่อยู่ในนาวาร์และการบริหารท้องถิ่น
สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 และฟิลิเปทรงเสด็จออกจากนาวาร์ในเดือนกันยายน ค.ศ. 1331 ทั้งสองพระองค์ทรงต้องทรงรักษาสมดุลระหว่างความต้องการของดินแดนฝรั่งเศสของพระองค์ควบคู่ไปกับการปกครองนาวาร์ ซึ่งบังคับให้ทั้งสองพระองค์ต้องทรงแบ่งเวลาไปมาระหว่างดินแดนทั้งหมด นักประวัติศาสตร์หลายท่านตั้งข้อสังเกตว่าสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 และฟิลิป ทรงแทบจะปรับตัวเข้ากับ "รสนิยมและขนบธรรมเนียมของชาวนาวาร์ได้ยาก และไม่คุ้นเคยกับภาษาของพวกเขา" ซึ่งเป็นเหตุผลที่ทั้งสองพระองค์ทรงไม่อยู่ในราชอาณาจักรบ่อยครั้ง
ในระหว่างที่ทั้งสองพระองค์ทรงไม่อยู่ ผู้ว่าราชการชาวฝรั่งเศสได้บริหารนาวาร์ในนามของพระองค์ สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 และฟิลิป เสด็จกลับนาวาร์ในเดือนเมษายน ค.ศ. 1336 การเสด็จเยือนครั้งที่สองของพระองค์ดำเนินไปจนถึงเดือนตุลาคม ค.ศ. 1337 ฟิลิปเสด็จกลับราชอาณาจักรอีกสองครั้ง แต่สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 มิได้ทรงติดตามไปด้วย
ในปี ค.ศ. 1344 มีการจัดทำสำเนาของกฎหมาย ฟูเอรอสแห่งนาวาร์ สำหรับสมเด็จพระราชินีในภาษาโรมานซ์ท้องถิ่น (in ydiomate Navarre) ซึ่งมีคอลัมน์ว่างสำหรับแปลเป็น ydioma galicanum (ภาษาฝรั่งเศสสำเนียงหนึ่ง) แต่ก็ปล่อยว่างไว้ ซึ่งน่าจะแสดงให้เห็นว่าภาษาฝรั่งเศสเป็นภาษาธรรมชาติที่สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงใช้ แม้กระทั่งในการจัดการเรื่องที่เกี่ยวข้องกับนาวาร์ ในปี ค.ศ. 1345 สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงก่อตั้งอารามซานฟรานซิสโกที่โอลีเต
3.4. การปกครองเพียงลำพังหลังการสิ้นพระชนม์ของฟิลิเปที่ 3
พระเจ้าฟิลิเปที่ 3 แห่งนาวาร์ พระสวามีของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 เสด็จสวรรคตในเดือนกันยายน ค.ศ. 1343 ขณะกำลังทำสงครามครูเสดกับราชอาณาจักรกรานาดาของชาวมุสลิมในสเปน ในไม่ช้าพระองค์ก็ทรงแต่งตั้งวิลเลียมแห่งบราเฮ มาแทนที่ฟิลิป เดอ เมอเลิง ซึ่งเคยบริหารนาวาร์ในนามของทั้งสองพระองค์ และในเวลาต่อมาก็ทรงปลดวิลเลียมแห่งบราเฮออกอีก และแต่งตั้งฌ็อง เดอ กงฟล็องส์ ขึ้นมาแทน การเปลี่ยนแปลงเหล่านี้อาจสะท้อนถึงความไม่ลงรอยกันกับฟิลิปเกี่ยวกับการบริหารนาวาร์ ตามความเห็นของนักประวัติศาสตร์เอเลนา วูดเอเคอร์
4. ปลายพระชนม์ชีพและการสิ้นพระชนม์
ในช่วงปลายพระชนม์ชีพ สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงเผชิญกับสถานการณ์ที่ท้าทายจากสงครามร้อยปี และทรงมีบทบาทสำคัญในการตัดสินใจทางการเมืองที่ส่งผลกระทบต่อราชอาณาจักรของพระองค์ พระองค์เสด็จสวรรคตด้วยโรคกาฬโรค ซึ่งเป็นโรคระบาดร้ายแรงที่คร่าชีวิตผู้คนจำนวนมากในยุโรป
4.1. บทบาทในสงครามร้อยปี
สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงตัดสินใจที่จะเสด็จเยือนนาวาร์อีกครั้ง แต่พระองค์ก็มิได้เสด็จกลับมาอีกเลย ส่วนใหญ่น่าจะเกิดจากความเป็นไปได้ที่จะเกิดการรุกรานดินแดนของพระราชวงศ์ในฝรั่งเศสในช่วงสงครามร้อยปี ในช่วงเริ่มต้นของสงคราม พระองค์และพระสวามีทรงสนับสนุนพระเจ้าฟิลิปที่ 6 แห่งฝรั่งเศส ในการต่อต้านพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 3 แห่งอังกฤษ ซึ่งทรงอ้างสิทธิ์ในราชบัลลังก์ฝรั่งเศสในฐานะพระโอรสของอีซาแบล พระมาตุจฉาของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2
อย่างไรก็ตาม ภายในปี ค.ศ. 1346 สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงผิดหวังกับความล้มเหลวของพระเจ้าฟิลิปที่ 6 ในฐานะผู้นำทัพ ในเดือนพฤศจิกายน พระองค์ทรงทำสนธิสัญญาสงบศึกอย่างกล้าหาญกับเอิร์ลแห่งแลงคาสเตอร์ โดยทรงอนุญาตให้กองทัพของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดผ่านอองกูแลม ซึ่งเป็นแคว้นของพระองค์ได้อย่างเสรี เพื่อแลกกับการคุ้มครองดินแดนของพระองค์ พระองค์ยังทรงให้คำมั่นว่าจะไม่สร้างป้อมปราการใหม่ หรืออนุญาตให้กองทัพของพระเจ้าฟิลิปใช้ป้อมปราการที่มีอยู่ พระเจ้าฟิลิปมิได้ทรงสามารถดำเนินการใด ๆ กับพระองค์ได้ แสดงให้เห็นถึงการตัดสินใจทางการเมืองที่เป็นอิสระของพระองค์ในสถานการณ์วิกฤต
4.2. การสิ้นพระชนม์และการฝังพระศพ
สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 เสด็จสวรรคตด้วยกาฬโรคเมื่อวันที่ 6 ตุลาคม ค.ศ. 1349 สิริพระชนมายุ 37 พรรษา พระองค์ทรงปกครองนาวาร์เป็นเวลา 21 ปี
ในพระราชพินัยกรรมสุดท้ายของพระองค์ พระองค์ทรงขอให้พระโอรสของพระองค์สนับสนุนค่าใช้จ่ายในการสร้างโบสถ์ที่ซานตามาเรียแห่งโอลีเต พระศพของพระองค์ทรงได้รับการฝังไว้ในมหาวิหารแซ็ง-เดอนี ส่วนพระหทัยของพระองค์ทรงได้รับการฝังไว้ที่โบสถ์คูว็องต์เดส์ฌาโคแบ็งส์ในปารีส ซึ่งปัจจุบันถูกรื้อถอนไปแล้ว เคียงข้างกับพระหทัยของพระสวามี

5. พระราชวงศ์และทายาท
สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงอภิเษกสมรสกับฟิลิเปแห่งเอเวรอ พระนัดดาของพระเจ้าฟิลิปที่ 3 แห่งฝรั่งเศส ทั้งสองพระองค์ทรงเป็นผู้ปกครองร่วมที่ทรงประสิทธิภาพ แม้จะไม่มีหลักฐานที่ชัดเจนว่าความสัมพันธ์ส่วนพระองค์ของทั้งสองพระองค์จะใกล้ชิดกันมากเท่ากับที่ปรากฏในชีวิตสมรสของพระอัยกา พระบิดา และพระปิตุลาของสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 แต่นี่ก็บ่งชี้ว่าการอภิเษกสมรสของพระองค์มิได้มีทั้งความผูกพันพิเศษหรือความยากลำบากที่โดดเด่น ทั้งสองพระองค์ทรงแยกจากกันน้อยมาก และทรงมีพระโอรสธิดารวมกันเก้าพระองค์
5.1. พระโอรสธิดา
สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 และพระเจ้าฟิลิเปที่ 3 แห่งนาวาร์ ทรงมีพระโอรสธิดารวมกันเก้าพระองค์ ดังนี้:
- ฌาน (ประมาณ ค.ศ. 1326-1387) ทรงถูกหมั้นหมายกับพระเจ้าเปโดรที่ 4 รัชทายาทในอนาคตของอารากอน แต่พระองค์ทรงตัดสินพระทัยเข้าสู่ชีวิตในศาสนาและทรงเป็นแม่ชี ณ อารามฟรานซิสกันที่ลงชองก์
- มาริอา (ประมาณ ค.ศ. 1329-1347) ทรงเป็นพระมเหสีพระองค์แรกของพระเจ้าเปโดรที่ 4 แห่งอารากอน
- หลุยส์ (ค.ศ. 1330-1334)
- บล็องช์ (ค.ศ. 1331-1398) ทรงเป็นพระมเหสีพระองค์ที่สองของพระเจ้าฟิลิปที่ 6 แห่งฝรั่งเศส
- การ์โลส (ค.ศ. 1332-1387) ทรงสืบทอดตำแหน่งเคานต์แห่งเอเวรอและกษัตริย์แห่งนาวาร์ต่อจากพระองค์
- ฟิลิป (ประมาณ ค.ศ. 1333-1363) ทรงอภิเษกสมรสกับโยลันเดอ เดอ แดมปีแยร์
- อาแญ็ส (ค.ศ. 1334-1396) ทรงอภิเษกสมรสกับกัสตงที่ 3 เคานต์แห่งฟัวซ์
- หลุยส์ (ค.ศ. 1341-1372) ทรงเป็นเคานต์แห่งโบมงต์-เลอ-โรเฌร์ ทรงอภิเษกสมรสครั้งแรกกับมาริอา เดอ ลิซาราซู และครั้งที่สองกับโจแอนนา ดัชเชสแห่งดูรัซโซ
- ฌาน (หลัง ค.ศ. 1342-1403) ทรงอภิเษกสมรสกับฌ็องที่ 1 วีสเคานต์แห่งโรอาน
5.2. แผนผังพระราชวงศ์
สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 ทรงเป็นพระธิดาของพระเจ้าหลุยส์ที่ 10 แห่งฝรั่งเศส (หลุยส์ที่ 1 แห่งนาวาร์) และมาร์เกอริตแห่งบูร์กอญ ซึ่งทำให้พระองค์ทรงเป็นพระนัดดาของพระเจ้าฟีลิปที่ 4 แห่งฝรั่งเศสและสมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 1 แห่งนาวาร์ทางฝ่ายพระบิดา และเป็นพระนัดดาของโรเบิร์ตที่ 2 ดยุคแห่งบูร์กอญและอาแญ็สแห่งฝรั่งเศสทางฝ่ายพระมารดา
พระสวามีของพระองค์คือฟิลิเปแห่งเอเวรอ ทรงเป็นพระโอรสของหลุยส์ เคานต์แห่งเอเวรอ และมาร์เกอริตแห่งอาร์ตัว ซึ่งทำให้ฟิลิเปเป็นพระนัดดาของพระเจ้าฟีลิปที่ 3 แห่งฝรั่งเศส และมารีแห่งบราบ็อง ผ่านการอภิเษกสมรสนี้ สมเด็จพระราชินีนาถโยอานาที่ 2 จึงทรงเป็นทายาทสายตรงของราชวงศ์กาเปต์ ในขณะที่พระสวามีของพระองค์ทรงเป็นเชื้อพระวงศ์จากสายรองของราชวงศ์กาเปต์ ซึ่งเป็นปัจจัยสำคัญในการรวมอำนาจและอ้างสิทธิ์ในราชบัลลังก์นาวาร์ของทั้งสองพระองค์